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- PDB-4u39: Crystal Structure of FtsZ:MciZ Complex from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u39
タイトルCrystal Structure of FtsZ:MciZ Complex from Bacillus subtilis
要素
  • Cell division factor
  • Cell division protein FtsZ
キーワードCELL CYCLE / FtsZ / MciZ / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast fission / cell septum / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / sporulation resulting in formation of a cellular spore / cell division site / protein polymerization / cell division / GTPase activity / GTP binding ...chloroplast fission / cell septum / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / sporulation resulting in formation of a cellular spore / cell division site / protein polymerization / cell division / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell division inhibitor MciZ / Mother cell inhibitor of FtsZ / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain ...Cell division inhibitor MciZ / Mother cell inhibitor of FtsZ / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Cell division inhibitor MciZ / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.194 Å
データ登録者Bisson-Filho, A.W. / Discola, K.F. / Castellen, P. / Blasios, V. / Martins, A. / Sforca, M.L. / Garcia, W. / Zeri, A.C. / Erickson, H.P. / Dessen, A. / Gueiros-Filho, F.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of FtsZ:MciZ Complex from Bacillus subtilis
著者: Bisson-Filho, A.W. / Discola, K.F. / Castellen, P. / Blasios, V. / Martins, A. / Sforca, M.L. / Garcia, W. / Zeri, A.C. / Erickson, H.P. / Dessen, A. / Gueiros-Filho, F.J.
履歴
登録2014年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsZ
B: Cell division protein FtsZ
C: Cell division protein FtsZ
D: Cell division protein FtsZ
E: Cell division protein FtsZ
F: Cell division protein FtsZ
G: Cell division protein FtsZ
H: Cell division protein FtsZ
I: Cell division protein FtsZ
J: Cell division factor
K: Cell division factor
L: Cell division factor
M: Cell division factor
N: Cell division factor
O: Cell division factor
P: Cell division factor
Q: Cell division factor
R: Cell division factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,42634
ポリマ－345,90618
非ポリマー1,52016
水00
1
A: Cell division protein FtsZ
J: Cell division factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6244
ポリマ－38,4342
非ポリマー1902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cell division protein FtsZ
K: Cell division factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6244
ポリマ－38,4342
非ポリマー1902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cell division protein FtsZ
L: Cell division factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6244
ポリマ－38,4342
非ポリマー1902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cell division protein FtsZ
M: Cell division factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6244
ポリマ－38,4342
非ポリマー1902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cell division protein FtsZ
N: Cell division factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5293
ポリマ－38,4342
非ポリマー951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cell division protein FtsZ
O: Cell division factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5293
ポリマ－38,4342
非ポリマー951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Cell division protein FtsZ
P: Cell division factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6244
ポリマ－38,4342
非ポリマー1902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Cell division protein FtsZ
Q: Cell division factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6244
ポリマ－38,4342
非ポリマー1902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Cell division protein FtsZ
R: Cell division factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6244
ポリマ－38,4342
非ポリマー1902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.360, 167.360, 528.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質
Cell division protein FtsZ


分子量: 31476.879 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP residues 12-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ftsZ, BSU15290 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17865
#2: タンパク質
Cell division factor / MciZ


分子量: 6957.148 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: mciZ, BSU23616 / プラスミド: pAB50 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L8EBJ9
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.6 M sodium/potassium phosphate, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0044 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0044 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→46.593 Å / Num. obs: 72155 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 17.33 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 62.64
反射 シェル解像度: 3.19→3.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 12.7 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VXY

2vxy


解像度: 3.194→46.593 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2918 3663 5.09 %
Rwork0.2319 --
obs0.2349 71983 97.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.194→46.593 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19145 0 80 0 19225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01119309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42226139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5266649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0763233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.194-3.23610.45871400.37932433X-RAY DIFFRACTION93
3.2361-3.28040.39851390.35062453X-RAY DIFFRACTION93
3.2804-3.32720.3581250.32422481X-RAY DIFFRACTION94
3.3272-3.37690.37571430.30152419X-RAY DIFFRACTION93
3.3769-3.42960.37641090.28892530X-RAY DIFFRACTION95
3.4296-3.48580.34761510.26742558X-RAY DIFFRACTION96
3.4858-3.54590.34221260.26142525X-RAY DIFFRACTION97
3.5459-3.61040.32891360.25562580X-RAY DIFFRACTION98
3.6104-3.67980.27211310.24352605X-RAY DIFFRACTION98
3.6798-3.75490.36321300.23562598X-RAY DIFFRACTION98
3.7549-3.83650.28151500.22432585X-RAY DIFFRACTION98
3.8365-3.92570.28161590.2212597X-RAY DIFFRACTION98
3.9257-4.02380.29991260.22192654X-RAY DIFFRACTION99
4.0238-4.13250.26391360.2242629X-RAY DIFFRACTION99
4.1325-4.25410.29731420.20132665X-RAY DIFFRACTION100
4.2541-4.39130.23921470.1852663X-RAY DIFFRACTION100
4.3913-4.54810.25041370.19142654X-RAY DIFFRACTION100
4.5481-4.730.23141480.18182663X-RAY DIFFRACTION100
4.73-4.94510.28171580.19842683X-RAY DIFFRACTION100
4.9451-5.20540.27271470.21592689X-RAY DIFFRACTION100
5.2054-5.53110.32071410.23512686X-RAY DIFFRACTION100
5.5311-5.95740.28531350.2362729X-RAY DIFFRACTION100
5.9574-6.55540.30531400.24792733X-RAY DIFFRACTION100
6.5554-7.50060.25971460.22722763X-RAY DIFFRACTION100
7.5006-9.43710.24241480.18152808X-RAY DIFFRACTION99
9.4371-46.59810.30261730.27092937X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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