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- PDB-4u2z: X-ray crystal structure of an Sco GlgEI-V279S/1,2,2-trifluromalto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u2z
タイトルX-ray crystal structure of an Sco GlgEI-V279S/1,2,2-trifluromaltose complex
要素Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor Complex Fluorosugar Maltosyl Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / hexosyltransferase activity / oligosaccharide catabolic process / alpha-amylase activity
類似検索 - 分子機能
: / GLGE, C-terminal / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...: / GLGE, C-terminal / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2,2-trifluoromaltose / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Ronning, D.R. / Lindenberger, J.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI105084 米国
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Synthesis of 2-deoxy-2,2-difluoro-alpha-maltosyl fluoride and its X-ray structure in complex with Streptomyces coelicolor GlgEI-V279S.
著者: Thanna, S. / Lindenberger, J.J. / Gaitonde, V.V. / Ronning, D.R. / Sucheck, S.J.
履歴
登録2014年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
B: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,5184
ポリマ－152,7892
非ポリマー7292
水16,051891
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area51560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.297, 113.297, 314.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1 / GMPMT 1 / (1->4)-alpha-D-glucan:maltose-1-phosphate alpha-D-maltosyltransferase 1


分子量: 76394.547 Da / 分子数: 2 / 変異: V279S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: glgE1, pep1, pep1A, pep1I, SCO5443, SC6A11.19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9L1K2, starch synthase (maltosyl-transferring)
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-deoxy-2,2-difluoro-alpha-D-arabino-hexopyranosyl fluoride / 1 / 2 / 2-trifluoromaltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 364.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 1,2,2-trifluoromaltose
記述子タイププログラム
[][a-D-Manp1fluoro2fluoro]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 891 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium citrate pH 7.0 and 10 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 96584 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Net I/σ(I): 26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→42.584 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1993 4826 5 %
Rwork0.1629 91654 -
obs0.1647 96480 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.58 Å2 / Biso mean: 35.9062 Å2 / Biso min: 18.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.26→42.584 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10276 0 48 891 11215
Biso mean--36.93 38.33 -
残基数----1298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09414542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2233862
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2601-2.28580.26771560.207729633119100
2.2858-2.31260.27921600.199330413201100
2.3126-2.34080.23781560.190529823138100
2.3408-2.37050.2321600.189230303190100
2.3705-2.40170.24741570.188130043161100
2.4017-2.43460.2521590.187530213180100
2.4346-2.46930.25461590.190330073166100
2.4693-2.50620.20871600.186430203180100
2.5062-2.54530.26611570.190329913148100
2.5453-2.58710.23991610.182630583219100
2.5871-2.63170.22341580.183230153173100
2.6317-2.67950.24381590.180730073166100
2.6795-2.73110.24981580.181330053163100
2.7311-2.78680.22991610.18330553216100
2.7868-2.84740.23541600.174230223182100
2.8474-2.91360.21691600.179730483208100
2.9136-2.98640.22731590.18330253184100
2.9864-3.06720.251610.179930503211100
3.0672-3.15740.20891600.189130323192100
3.1574-3.25930.21351600.186130383198100
3.2593-3.37570.22231610.178230543215100
3.3757-3.51080.191610.168630573218100
3.5108-3.67050.20671620.167730723234100
3.6705-3.86390.18251610.163830663227100
3.8639-4.10580.17121630.142230943257100
4.1058-4.42250.16351630.126630903253100
4.4225-4.8670.14671650.123131293294100
4.867-5.56990.16141640.133331293293100
5.5699-7.01250.17361680.151331993367100
7.0125-42.59120.15491770.14163350352799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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