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- PDB-4u2n: Crystal structure of a complex of the Miz1- and Nac1 POZ domains. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u2n
タイトルCrystal structure of a complex of the Miz1- and Nac1 POZ domains.
要素Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,Nucleus accumbens-associated protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / POZ domain / BTB domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm development / XBP1(S) activates chaperone genes / regulation of immune system process / gastrulation with mouth forming second / G1 to G0 transition / negative regulation of cell cycle / core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of cytokine production / protein-DNA complex / transcription coactivator binding ...ectoderm development / XBP1(S) activates chaperone genes / regulation of immune system process / gastrulation with mouth forming second / G1 to G0 transition / negative regulation of cell cycle / core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of cytokine production / protein-DNA complex / transcription coactivator binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / cell junction / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BEN domain / BEN domain / BEN domain profile. / BEN / C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type ...BEN domain / BEN domain / BEN domain profile. / BEN / C2H2-type zinc finger / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger and BTB domain-containing protein 17 / Nucleus accumbens-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Stead, M.A. / Wright, S.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Yorkshire Cancer ResearchL334 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structures of heterodimeric POZ domains of Miz1/BCL6 and Miz1/NAC1.
著者: Stead, M.A. / Wright, S.C.
履歴
登録2014年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,Nucleus accumbens-associated protein 1
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,Nucleus accumbens-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7212
ポリマ－55,7212
非ポリマー00
水54030
1
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,Nucleus accumbens-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8611
ポリマ－27,8611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12630 Å2
手法PISA
2
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,Nucleus accumbens-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8611
ポリマ－27,8611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.090, 115.190, 58.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological unit is a dimer. There are two biological units in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 17,Nucleus accumbens-associated protein 1 / Myc-interacting zinc finger protein 1 / Miz-1 / Zinc finger protein 151 / Zinc finger protein 60 / ...Myc-interacting zinc finger protein 1 / Miz-1 / Zinc finger protein 151 / Zinc finger protein 60 / NAC-1 / BTB/POZ domain-containing protein 14B


分子量: 27860.744 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-115,UNP residues 2-125 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ZBTB17, MIZ1, ZNF151, ZNF60, NACC1, BTBD14B, NAC1
プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13105, UniProt: Q96RE7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.2 % PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月25日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50.93 Å / Num. obs: 33315 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.84 Å50.93 Å
Translation6.84 Å50.93 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS2.5.6データ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0071精密化
Aimlessデータスケーリング
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U2M

4u2m


解像度: 2.3→50.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.2814 / WRfactor Rwork: 0.2344 / FOM work R set: 0.74 / SU R Cruickshank DPI: 0.2555 / SU Rfree: 0.2267 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2863 1657 5 %RANDOM
Rwork0.2377 31610 --
obs0.2402 33267 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.07 Å2 / Biso mean: 64.693 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.07 Å20 Å2-0 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→50.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3562 0 0 30 3592
Biso mean---65.88 -
残基数----465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193648
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.9444949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.66437809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7765464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.93225.38171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.40615587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.959159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.3456.3231862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.3476.3221861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.2249.4392318
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 105 -
Rwork0.347 2306 -
all-2411 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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