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- PDB-4u2l: Dithionite reduced cholesterol in complex with sulfite -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u2l
タイトルDithionite reduced cholesterol in complex with sulfite
要素Cholesterol oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ISOMERASE / cholesterol oxidase / flavoenzymes / redox chemistry
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol oxidase / cholesterol oxidase activity / steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / cholesterol catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cholesterol Oxidase; domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain ...Cholesterol Oxidase; domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SFD / Cholesterol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.337 Å
データ登録者Golden, E.A. / Vrielink, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: High-resolution structures of cholesterol oxidase in the reduced state provide insights into redox stabilization.
著者: Golden, E. / Karton, A. / Vrielink, A.
履歴
登録2014年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32016年6月1日Group: Data collection
改定 1.42017年11月22日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholesterol oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9545
ポリマ－55,7991
非ポリマー1,1564
水11,944663
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.375, 73.565, 63.431
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cholesterol oxidase / CHOD / Cholesterol isomerase


分子量: 55798.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: SA-COO / 遺伝子: choA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P12676, cholesterol oxidase, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SFD / (S)-10-((2S,3S,4R)-5-((S)-((S)-(((2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYLOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYLOXY)-2,3,4-TRIHYDROXYPENTYL)-7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-2,3,4,4A-TETRAHYDROBENZO[G]PTERIDINE-5(10H)-SULFONIC ACID / N5-SULFONO FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 867.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O18P2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: PEG 8000, manganese chloride, cacodylate / PH範囲: 5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→61.262 Å / Num. all: 100763 / Num. obs: 100763 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 6.6 Å2 / Rpim(I) all: 0.115 / Rrim(I) all: 0.398 / Rsym value: 0.381 / Net I/av σ(I): 1.22 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 1209726
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.32-1.398.91.1660.68399594330.3721.166360.7
1.39-1.4812.60.9890.7185994147490.2880.9895.1100
1.48-1.5812.90.8090.8178380138310.2340.8096.6100
1.58-1.713.10.6980.9169086128990.20.6988.4100
1.7-1.8713.10.5831155435118940.1680.58310.9100
1.87-2.0912.60.4531.3134896107250.1330.45314.7100
2.09-2.4111.90.3641.511264094870.110.36418.6100
2.41-2.9511.20.3231.69013780500.10.32322.1100
2.95-4.1710.30.1892.36447462500.0610.18931100
4.17-19.97510.10.1283.23468934450.0420.12829.199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
精密化開始モデル: 1MXT

1mxt


解像度: 1.337→19.975 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 10.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1328 9945 10.08 %
Rwork0.097 88724 -
obs0.1006 98669 96.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 56.21 Å2 / Biso mean: 9.6697 Å2 / Biso min: 1.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.337→19.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3834 0 103 682 4619
Biso mean--5.35 20.41 -
残基数----499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.386102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7051653
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3373-1.35251.816231.752569
1.3525-1.36840.33152930.24382463275683
1.3684-1.38510.18083750.117830793454100
1.3851-1.40260.16033740.103929903364100
1.4026-1.42110.15073520.101230763428100
1.4211-1.44050.15393350.099730923427100
1.4405-1.46110.14833330.098330383371100
1.4611-1.48290.13933380.093531043442100
1.4829-1.50610.14413400.091830593399100
1.5061-1.53080.14123640.087230303394100
1.5308-1.55720.12383340.083431223456100
1.5572-1.58550.12583510.078330283379100
1.5855-1.61590.11563220.079630973419100
1.6159-1.64890.12383400.077530823422100
1.6489-1.68480.12413360.082530663402100
1.6848-1.72390.12633470.081431123459100
1.7239-1.7670.12693420.084830853427100
1.767-1.81480.12983320.081630423374100
1.8148-1.86810.11243460.081131113457100
1.8681-1.92840.11223380.085330643402100
1.9284-1.99720.133320.086530913423100
1.9972-2.07710.11373800.090430473427100
2.0771-2.17150.1323530.088230743427100
2.1715-2.28590.12023500.085430593409100
2.2859-2.42890.11653280.092831393467100
2.4289-2.6160.12123420.095630803422100
2.616-2.87860.1383330.10431033436100
2.8786-3.29350.13483500.109130843434100
3.2935-4.14340.12673130.103831563469100
4.1434-19.97720.14183690.127331453514100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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