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- PDB-4u13: Crystal structure of putative polyketide cyclase (protein SMa1630... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u13
タイトルCrystal structure of putative polyketide cyclase (protein SMa1630) from Sinorhizobium meliloti at 2.3 A resolution
要素putative polyketide cyclase SMa1630
キーワードTRANSFERASE / PSI-Biology / NYSGRC / putative polyketide cyclase / protein SMa1630 / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / SnoaL-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Bacal, P. / Osinski, T. / Cooper, D.R. / Szlachta, K. / Stead, M. / Grabowski, M. / Hammonds, J. / Ahmed, M. / Hillerich, B.S. ...Shabalin, I.G. / Bacal, P. / Osinski, T. / Cooper, D.R. / Szlachta, K. / Stead, M. / Grabowski, M. / Hammonds, J. / Ahmed, M. / Hillerich, B.S. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH-5U54GM094662-04 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a putative polyketide cyclase (protein SMa1630) from Sinorhizobium meliloti at 2.3 A resolution
著者: Shabalin, I.G. / Bacal, P. / Osinski, T. / Cooper, D.R. / Szlachta, K. / Stead, M. / Grabowski, M. / Hammonds, J. / Ahmed, M. / Hillerich, B.S. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W.
履歴
登録2014年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Refinement description / Structure summary
改定 1.22015年8月26日Group: Data collection
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.72023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.82024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative polyketide cyclase SMa1630
B: putative polyketide cyclase SMa1630


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0602
ポリマ－24,0602
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.764, 42.295, 62.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: -2 - 106 / Label seq-ID: 1 - 109

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 putative polyketide cyclase SMa1630


分子量: 12030.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein was expressed with HIS-tag but was subjected to limited proteolysis with chymotrypsin.
由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)
遺伝子: SMa1630 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q92YJ1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 ul of 18 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG condition #96 (0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M ...詳細: 0.2 ul of 18 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG condition #96 (0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml chymotrypsin solution at 289 K for 3 hours.
Temp details: Rigaku Gallery 700

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月11日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 10379 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Χ2: 1.244 / Net I/av σ(I): 20.149 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 38669
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.343.20.6742.14800.91792.5
2.34-2.383.20.5735100.95997.1
2.38-2.433.60.6184950.84999
2.43-2.483.80.715211.02599.8
2.48-2.533.90.6325070.929100
2.53-2.5940.3785091.005100
2.59-2.6640.3575431.146100
2.66-2.7340.2774871.138100
2.73-2.8140.265501.429100
2.81-2.940.2015021.392100
2.9-33.90.1585391.417100
3-3.123.90.115051.487100
3.12-3.263.90.0885231.369100
3.26-3.443.80.0775201.43199.8
3.44-3.653.70.0595231.551100
3.65-3.933.80.0575241.39599.8
3.93-4.333.60.0495241.326100
4.33-4.953.60.0475241.20399.8
4.95-6.243.60.0435461.408100
6.24-503.30.0495471.29398.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
HKL-3000データスケーリング
PHENIXROSETTA-MR位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3fh1

3fh1


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.2313 / WRfactor Rwork: 0.2045 / FOM work R set: 0.7849 / SU B: 18.364 / SU ML: 0.195 / SU R Cruickshank DPI: 0.3262 / SU Rfree: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2238 535 5.2 %RANDOM
Rwork0.1926 9813 --
obs0.1942 10348 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 160.47 Å2 / Biso mean: 65.057 Å2 / Biso min: 43.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.65 Å2-0 Å21.2 Å2
2---1.72 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1635 0 0 21 1656
Biso mean---58.62 -
残基数----218
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191670
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.9532276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99233568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0465216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95323.13467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.34915237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0381512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6523.484870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6483.482869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0215.2081084
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5738 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 32 -
Rwork0.284 646 -
all-678 -
obs--87.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.35261.54136.72754.39141.527920.60320.32920.0307-1.098-0.3320.2366-0.49920.50520.1281-0.56570.44070.15420.1180.1779-0.00720.357817.10624.24341.956
23.42962.3460.09792.00740.32725.85430.2254-0.2394-0.09370.2158-0.23520.085-0.09790.50490.00970.33830.05830.04340.2680.02070.211315.78835.72653.839
31.3331-0.204-0.48490.7990.6182.83450.1075-0.0114-0.09150.1247-0.07250.0899-0.08030.332-0.0350.37430.06360.09040.25150.03910.258914.50336.95544.847
45.27240.7522-0.17554.13182.96485.56560.12260.39260.3315-0.2433-0.2317-0.2597-0.9969-0.35260.10920.45570.14850.01610.24060.06450.1979-0.78526.95836.769
52.83190.2082-1.64.2270.78164.09020.27240.0898-0.14160.0338-0.46370.1271-0.0875-0.32780.19130.38330.06530.0050.2252-0.02080.1687-7.01417.5945.085
62.0232-0.2751-0.56581.75240.37472.25570.180.13-0.0093-0.1962-0.2632-0.0208-0.0735-0.24920.08330.42070.1050.03620.2453-0.02730.1967-2.23115.02439.376
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3A46 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4B-2 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5B13 - 37
6X-RAY DIFFRACTION6B38 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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