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- PDB-4u12: Crystal structure of protein HP0242 from Helicobacter pylori at 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u12
タイトルCrystal structure of protein HP0242 from Helicobacter pylori at 1.94 A resolution: a knotted homodimer
要素Uncharacterized protein HP0242
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-2 / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Knotted homodimer / HELICOBACTER PYLORI / Protein Structure Initiative
機能・相同性HP0242-like domain / HP0242-like fold / Protein of unknown function DUF2018 / HP0242-like superfamily / Domain of unknown function (DUF2018) / Orthogonal Bundle / metal ion binding / Mainly Alpha / DUF2018 family protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Grabowski, M. / Shabalin, I.G. / Chruszcz, M. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Guthrie, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM053163 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM094585-04 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of protein HP0242 from Helicobacter pylori at 1.94 A resolution: a knotted homodimer
著者: Grabowski, M. / Shabalin, I.G. / Chruszcz, M. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Guthrie, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W.
履歴
登録2014年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年7月23日ID: 2OUF
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / refine_hist
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein HP0242


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1951
ポリマ－11,1951
非ポリマー00
水1,24369
1
A: Uncharacterized protein HP0242

A: Uncharacterized protein HP0242


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3912
ポリマ－22,3912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/41
Buried area4070 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area8850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.944, 44.944, 117.883
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein HP0242


分子量: 11195.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: forms a knotted homodimer
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
遺伝子: C694_01225, HP_0242 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codonplus(de3) Rp / 参照: UniProt: O25025
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 30% v/v Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH), 0.05M Ammonium Sulfate, 0.05M Bis-Tris, pH 6.5,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月9日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 9566 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Χ2: 0.824 / Net I/av σ(I): 46.12 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 153490
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.94-1.9716.70.9374650.512100
1.97-2.01170.7284590.481100
2.01-2.0516.70.574720.483100
2.05-2.0916.80.4914490.469100
2.09-2.1416.70.3424820.461100
2.14-2.1816.60.3224510.474100
2.18-2.2416.80.2594730.496100
2.24-2.316.40.2234530.504100
2.3-2.3716.60.1924760.514100
2.37-2.4416.40.1614710.564100
2.44-2.5316.50.124650.614100
2.53-2.6316.30.1084860.659100
2.63-2.7516.30.0854660.768100
2.75-2.916.10.0794720.852100
2.9-3.08160.0634790.986100
3.08-3.3215.70.0524891.105100
3.32-3.6515.60.0454801.13399.8
3.65-4.1814.90.0425071.202100
4.18-5.2613.40.045121.485100
5.26-5014.10.0425592.83497

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXDE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
REFMAC5.8.0049精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.94→44.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.2502 / WRfactor Rwork: 0.2234 / FOM work R set: 0.8101 / SU B: 7.995 / SU ML: 0.113 / SU R Cruickshank DPI: 0.1455 / SU Rfree: 0.1388 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 457 4.8 %RANDOM
Rwork0.2208 9069 --
obs0.2224 9526 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 158.09 Å2 / Biso mean: 65.103 Å2 / Biso min: 26.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å2-0 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→44.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数626 0 0 69 695
Biso mean---61.72 -
残基数----80
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.019637
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.991859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80431427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.217581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.83826.55229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.7515121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.492152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6012.422321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5852.414320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2613.607400
LS精密化 シェル解像度: 1.942→1.993 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 31 -
Rwork0.273 648 -
all-679 -
obs--99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.7748-2.82652.85875.83171.496815.89370.4701-0.6115-0.3289-0.37430.2104-0.05270.949-0.2702-0.68050.1209-0.0447-0.0630.11660.080.084425.46817.47422.307
29.44225.7832-1.87848.4114-4.12787.15910.1779-0.37180.0960.08950.03120.4448-0.7159-0.3757-0.20920.1270.03550.01410.11780.00440.10122.68130.98116.243
315.7553-18.30321.011938.6768-18.593617.85290.8527-1.28950.37780.3674-1.6469-1.0445-1.59543.88310.79420.5403-1.0006-0.16172.55460.39210.181641.8137.66610.179
441.3704-9.0434-10.58297.2895-5.315417.74610.35310.2377-1.06750.5476-1.065-0.5849-0.22720.95910.71190.2966-0.1182-0.190.81360.18050.341845.3724.01620.685
527.433-2.10635.19961.9897-4.18049.42650.899-1.4138-0.08170.0877-0.1940.2253-0.31180.1009-0.70510.2107-0.00620.04930.34740.03590.158627.81226.40625.536
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3A48 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4A63 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5A76 - 92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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