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- PDB-4u0c: Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P6 crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u0c
タイトルHexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P6 crystal form
要素
  • Capsid protein p24
  • Nuclear pore complex protein Nup153
キーワードVIRAL PROTEIN / Capsid / Nuclear Pore / FG repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of RNA export from nucleus / nuclear pore complex assembly / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / nuclear pore nuclear basket / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA ...negative regulation of RNA export from nucleus / nuclear pore complex assembly / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / nuclear pore nuclear basket / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / SUMOylation of RNA binding proteins / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / viral budding via host ESCRT complex / SUMOylation of DNA replication proteins / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / nuclear pore / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein-membrane adaptor activity / nuclear periphery / SUMOylation of chromatin organization proteins / HCMV Late Events / Transcriptional regulation by small RNAs / molecular condensate scaffold activity / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral penetration into host nucleus / HCMV Early Events / protein import into nucleus / nuclear envelope / host cell / snRNP Assembly / viral nucleocapsid / nuclear membrane / amyloid fibril formation / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / nucleolus / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin Nup153, N-terminal / Retro-transposon transporting motif / Nucleoporin Nup153-like / Retro-transposon transporting motif / Nuclear pore complex protein / Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Zinc finger domain / Gag protein p6 ...Nucleoporin Nup153, N-terminal / Retro-transposon transporting motif / Nucleoporin Nup153-like / Retro-transposon transporting motif / Nuclear pore complex protein / Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Zinc finger domain / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag polyprotein / Nuclear pore complex protein Nup153
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Price, A.J. / Jacques, D.A. / James, L.C.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Host Cofactors and Pharmacologic Ligands Share an Essential Interface in HIV-1 Capsid That Is Lost upon Disassembly.
著者: Price, A.J. / Jacques, D.A. / McEwan, W.A. / Fletcher, A.J. / Essig, S. / Chin, J.W. / Halambage, U.D. / Aiken, C. / James, L.C.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
B: Nuclear pore complex protein Nup153


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1492
ポリマ－27,1492
非ポリマー00
水3,603200
1
A: Capsid protein p24
B: Nuclear pore complex protein Nup153
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,89412
ポリマ－162,89412
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-y+1,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_465-x+y-1,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation5_455y-1,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_665x-y+1,x+1,z1
Buried area21320 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area60980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.469, 91.469, 57.001
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24 / Pr55Gag


分子量: 25461.271 Da / 分子数: 1 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate NY5 / 遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12493
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear pore complex protein Nup153 / 153 kDa nucleoporin / Nucleoporin Nup153


分子量: 1687.721 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1407-1423 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49790
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 30% v/v PEG 400, 0.1 M CHES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→35.67 Å / Num. obs: 24947 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 79253 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.77-1.813.20.9421.6457314110.3920.58195.8
9.05-35.6740.03321.47451880.9990.01989.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.18データスケーリング
MOSFLMデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H47

3h47


解像度: 1.77→35.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.2042 / WRfactor Rwork: 0.1857 / FOM work R set: 0.8272 / SU B: 2.793 / SU ML: 0.085 / SU R Cruickshank DPI: 0.1212 / SU Rfree: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 1200 4.8 %RANDOM
Rwork0.1913 23742 --
obs0.1923 24942 94.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.61 Å2 / Biso mean: 24.339 Å2 / Biso min: 10.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0.1 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→35.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1672 0 0 200 1872
Biso mean---33.77 -
残基数----219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191751
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8781.9592388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7283.0013837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2695226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39224.52173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.90915292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0021511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0093.008889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0043.007888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0945.0261108
LS精密化 シェル解像度: 1.774→1.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 89 -
Rwork0.289 1742 -
all-1831 -
obs--95.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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