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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4u09 | ||||||
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タイトル | Structure of Leptospira interrogans LRR protein LIC12759 | ||||||
要素 | LIC12759 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / LRR PROTEIN / PATHOGEN / VIRULENCE FACTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Shepard, W. / Saul, F.A. / Haouz, A. / Picardeau, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: Structural characterization of a novel subfamily of leucine-rich repeat proteins from the human pathogen Leptospira interrogans. 著者: Miras, I. / Saul, F. / Nowakowski, M. / Weber, P. / Haouz, A. / Shepard, W. / Picardeau, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4u09.cif.gz | 181.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4u09.ent.gz | 147.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4u09.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/4u09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/4u09 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 46131.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (バクテリア) 遺伝子: LIC_12759 / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q72NS0 |
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-非ポリマー , 6種, 624分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 4000, 125 mM zinc acetate, 200 mM magnesium chloride, 100 mM MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.28199 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月8日 |
放射 | モノクロメーター: CHANNEL CUT SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.28199 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→47.79 Å / Num. obs: 67851 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 33.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.974 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→47.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8992 / SU R Cruickshank DPI: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.16 / SU Rfree Blow DPI: 0.136 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.134
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.7 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.246 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.95→47.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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