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万見
- PDB-4u05: Homodimeric Single Domain Antibody (sdAb) against Staphylococcal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u05
タイトルHomodimeric Single Domain Antibody (sdAb) against Staphylococcal enterotoxin B (SEB) S74A Variant
要素Single Domain Antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM / camelid / single domain antibody / dimer / amyloid-like
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Legler, P.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)CBCALL12-LS6-2-0036 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structural and mutational analysis of a monomeric and dimeric form of a single domain antibody with implications for protein misfolding.
著者: George, J. / Compton, J.R. / Leary, D.H. / Olson, M.A. / Legler, P.M.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single Domain Antibody
B: Single Domain Antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0305
ポリマ－28,7422
非ポリマー2883
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
2
A: Single Domain Antibody
B: Single Domain Antibody
ヘテロ分子

A: Single Domain Antibody
B: Single Domain Antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,06110
ポリマ－57,4844
非ポリマー5766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area6210 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area22500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.193, 72.169, 117.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

SO4

21B-311-

HOH

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要素

#1: 抗体 Single Domain Antibody


分子量: 14371.058 Da / 分子数: 2 / 変異: S74A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pet15b / 詳細 (発現宿主): Cytoplasmic / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 % / 解説: rod-shaped
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.5
詳細: 0.1 M Citric Acid pH 2.5 1.6 M Ammonium Sulfate 20% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月8日
放射モノクロメーター: BRUKER HELIOS OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→58.58 Å / Num. obs: 10160 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.61 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rsym value: 0.188 / Net I/σ(I): 8.05
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4374 / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PROTEUM PLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TYU

4tyu


解像度: 2.5→58.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.65 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23876 490 4.8 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.21045 9647 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→58.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1976 0 15 75 2066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192026
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1241.9442744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6795258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03823.11190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.22615314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5821516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 40 -
Rwork0.264 687 -
obs--99.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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