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万見
- PDB-4tzy: Vibrio vulnificus Adenine Riboswitch Variant, grown in both Sr2+ ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tzy
タイトルVibrio vulnificus Adenine Riboswitch Variant, grown in both Sr2+ and Mg2+
要素Vibrio vulnificus Adenine Riboswitch
キーワードRNA / riboswitch / gene regulation / adenine
機能・相同性ADENINE / STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Dramatic Improvement of Crystals of Large RNAs by Cation Replacement and Dehydration.
著者: Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Vibrio vulnificus Adenine Riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,48411
ポリマ－22,6871
非ポリマー79710
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.283, 152.313, 24.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: RNA鎖 Vibrio vulnificus Adenine Riboswitch


分子量: 22687.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio vulnificus (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#3: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Mg, PEG, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月17日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→41.4 Å / Num. obs: 6534 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/av σ(I): 2 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.57→2.66 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y26

1y26


解像度: 2.57→41.375 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 1171 10.09 %Random
Rwork0.2035 ---
obs0.2081 11606 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→41.375 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1502 19 21 1542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0011688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3242623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.302849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.017355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.57-2.68460.39651420.35061297X-RAY DIFFRACTION100
2.6846-2.82610.34341500.32071328X-RAY DIFFRACTION100
2.8261-3.00320.3361470.29241291X-RAY DIFFRACTION100
3.0032-3.2350.25811480.20761305X-RAY DIFFRACTION100
3.235-3.56030.2171450.18731326X-RAY DIFFRACTION100
3.5603-4.07510.24981370.18061291X-RAY DIFFRACTION100
4.0751-5.13270.19651520.15851295X-RAY DIFFRACTION100
5.1327-41.38060.23361500.17511302X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.7833-1.7104-4.09894.77912.94215.91590.1465-0.84970.2873-0.364-0.50720.0362-0.75750.38160.25750.5837-0.1317-0.12960.64660.11931.5284-38.9522.005-11.675
25.87830.64020.121.3053-0.03053.48660.21941.1085-2.0001-0.3533-0.0861-0.50220.221-0.168-0.18340.44250.0045-0.03130.4256-0.1480.5149-28.25113.122-21.807
31.52320.64050.34022.38071.13590.59640.3871-0.395-0.12580.2029-0.1609-0.59750.1691-0.1882-0.20190.3506-0.0438-0.05830.39670.12330.3914-13.31230.398-6.07
42.04621.0364-0.24753.7655-0.29431.54310.149-0.2301-0.28970.1353-0.0811-0.7749-0.1090.0162-0.04250.34470.0601-0.00960.3172-0.01540.3863-15.60421.44-10.807
51.18021.342-0.41483.8871-1.04060.7503-0.2070.1196-1.3576-0.17470.23590.34850.31720.0304-0.01440.3993-0.0359-0.04680.60920.05740.7863-38.1415.954-15.542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN X AND RESID 13:18 )X13 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN X AND RESID 19:23 )X19 - 23
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN X AND RESID 24:43 )X24 - 43
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN X AND RESID 44:72 )X44 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN X AND RESID 73:83 )X73 - 83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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