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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tzd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Canavalia maritima lectin (ConM) complexed with interleukin - 1 beta primer | ||||||
要素 |
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キーワード | Carbohydrate binding protein/DNA / Carbohydrate binding protein / Carbohydrate binding protein-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Canavalia lineata (ハマナタマメ) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Vieira, D.B.H.A. / Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Teixeira, C.S. / Silva-Filho, J.C. / Lima, E.M. / Nobrega, R.B. / Cavada, B.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Canavalia maritima lectin (ConM) complexed with interleukin 1 - beta primer 著者: Vieira, D.B.H.A. / Delatorre, P. / Cavada, B.S. / Nobrega, R.B. / Teixeira, C.S. / Silva-Filho, J.C. / Lima, E.M. / Rocha, B.A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tzd.cif.gz | 106 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tzd.ent.gz | 81.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tzd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/4tzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/4tzd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25494.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia lineata (ハマナタマメ) / 参照: UniProt: P81460 #2: DNA鎖 | | 分子量: 573.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Interleukin 1 - beta primer / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #3: DNA鎖 | | 分子量: 1166.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Interleukin 1 - beta primer / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES sodium 7.5, 30% v/v 2-Propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.459 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→48.06 Å / Num. obs: 9248 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.7 % / Net I/σ(I): 5.7 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 3.2→39.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.826 / SU B: 31.292 / SU ML: 0.546 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.651 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.968 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.2→39.24 Å
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拘束条件 |
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