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- PDB-4tzb: Structure of NDM-Metallo-beta-lactamase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tzb
タイトルStructure of NDM-Metallo-beta-lactamase
要素Metallo-beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Metallo-beta-lactamase / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactamase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / NICKEL (II) ION / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.029 Å
データ登録者Ferguson, J.A. / Makena, A. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100135 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Metallo-beta-lactamase
著者: Ferguson, J.A. / Makena, A. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2014年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 3.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8438
ポリマ－24,3711
非ポリマー4727
水2,954164
1
A: Metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,74464
ポリマ－194,9718
非ポリマー3,77256
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_554-x,y,-z-11
crystal symmetry operation6_554x,-y,-z-11
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-11
Buried area12200 Å2
ΔGint-685 kcal/mol
Surface area70380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.244, 120.244, 89.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

NI

21A-480-

HOH

31A-488-

HOH

41A-527-

HOH

51A-551-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase / NDM carbapenemase


分子量: 24371.424 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaNDM-6 / プラスミド: OPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PlysS / 参照: UniProt: G9JVE6

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非ポリマー , 5種, 171分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.89 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.007M CdCl2, NiCl2, MgCl2, CoCl2 0.1 M HEPES pH 7.5 14% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月10日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 21343 / Num. obs: 21343 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/av σ(I): 10 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 10.5 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZR9

3zr9


解像度: 2.029→46.052 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2063 2000 9.37 %Random selection
Rwork0.1771 ---
obs0.1798 21341 99.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.029→46.052 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1696 0 7 164 1867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9332424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.538603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0293-2.080.21091330.18671286X-RAY DIFFRACTION94
2.08-2.13630.2421400.1821357X-RAY DIFFRACTION100
2.1363-2.19910.22811410.17341359X-RAY DIFFRACTION100
2.1991-2.27010.22131420.16551373X-RAY DIFFRACTION100
2.2701-2.35120.22641410.1831363X-RAY DIFFRACTION100
2.3512-2.44540.21941420.16991372X-RAY DIFFRACTION100
2.4454-2.55670.21781410.17641364X-RAY DIFFRACTION100
2.5567-2.69140.28471420.17971378X-RAY DIFFRACTION100
2.6914-2.860.18481430.17671380X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.08080.21911440.19171392X-RAY DIFFRACTION100
3.0808-3.39080.19861420.18671377X-RAY DIFFRACTION100
3.3908-3.88120.20081470.17641417X-RAY DIFFRACTION100
3.8812-4.88910.15831470.15491417X-RAY DIFFRACTION100
4.8891-46.06410.22671550.1881506X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0833-1.35381.28512.9871.80993.61740.1336-0.09220.3464-0.4012-0.1043-0.0292-0.44-0.4818-0.07490.40310.1120.06710.2785-0.02270.2998-18.292135.3804-30.1623
22.2565-0.48130.75051.46830.67973.0275-0.0554-0.2976-0.06240.06420.1303-0.0623-0.145-0.1041-0.05850.23430.03410.09320.21950.00910.2411-9.154724.741126.9712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 40 through 82 )A40 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 270 )A83 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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