PDB-4tyy: DEAD-box helicase Mss116 bound to ssRNA and CDP-BeF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tyy

タイトル

DEAD-box helicase Mss116 bound to ssRNA and CDP-BeF

要素

ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial
RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / DEAD-box / RNA helicase / hydrolase / RNA binding protein-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Group II intron splicing / transcription elongation by mitochondrial RNA polymerase / mitochondrial RNA processing / mitochondrial translational initiation / RNA strand annealing activity / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome / Group I intron splicing / RNA folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Mallam, A.L. / Sidote, D.J. / Lambowitz, A.M.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Molecular insights into RNA and DNA helicase evolution from the determinants of specificity for a DEAD-box RNA helicase.
著者: Mallam, A.L. / Sidote, D.J. / Lambowitz, A.M.

履歴

登録	2014年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月21日	Group: Database references
改定 1.2	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tyy.cif.gz	304.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tyy.ent.gz	248.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tyy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4tyy_validation.pdf.gz	793.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tyy_full_validation.pdf.gz	798.5 KB	表示
XML形式データ	4tyy_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	4tyy_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/4tyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/4tyy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tynC 4tywC 4tz0C 4tz6C 3i5xS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3i5x-d 4tyn-d 4tz6-d 4tz0-d 4tyw-d 3sqw-d 3sqx-d 6hoo-d 4yv1-2 2qum-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

B: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

A: ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial

ヘテロ分子

61.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.635, 126.842, 55.303
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(PAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') 分子量: 2917.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae* (パン酵母)
#2: タンパク質	ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial 分子量: 57843.730 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 88-596 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MSS116, YDR194C, YD9346.05C / プラスミド: pMAL-c2t / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15424, RNA helicase

#1: RNA鎖

RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

分子量: 2917.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

#2: タンパク質

ATP-dependent RNA helicase MSS116, mitochondrial

分子量: 57843.730 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 88-596 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MSS116, YDR194C, YD9346.05C / プラスミド: pMAL-c2t / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15424, RNA helicase

-
非ポリマー , 4種, 31分子

#3: 化合物	ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION 分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF₃
#4: 化合物	ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP 分子量: 403.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₃O₁₁P₂
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M sodium malonate, pH 5.0, 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→47.066 Å / Num. obs: 16982 / % possible obs: 98.62 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / R_sym value: 0.41 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3I5X

3i5x

解像度: 2.74→47.066 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2668	853	5.02 %
R_work	0.2234	-	-
obs	0.2256	16982	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→47.066 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3822	198	30	28	4078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4139
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.629	5659
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.904	1526
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	678
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	689

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.74-2.9112	0.4666	149	0.3352	2455	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9112-3.1359	0.3488	148	0.2999	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1359-3.4514	0.3289	136	0.2695	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4514-3.9506	0.2719	139	0.2291	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9506-4.9765	0.2361	150	0.1896	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9765-47.0726	0.2006	131	0.1887	2892	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7813	0.8324	0.1126	1.16	-0.0942	0.1393	0.3927	-0.065	-0.6603	0.3159	-0.2116	-0.0758	0.0242	0.2315	0.0287	0.3436	0.0845	0.0076	0.4626	-0.0826	0.6037	128.171	16.1586	-0.9372
2	0.6069	-0.2937	0.3493	0.6233	-0.2171	0.3242	0.0852	-0.6927	0.0879	0.5247	0.1785	0.1361	-0.2523	-0.0419	0.2535	0.7713	0.0088	0.1598	0.6816	-0.2524	0.4267	118.1132	44.7164	23.0361
3	0.8494	-0.3167	0.2427	0.3237	-0.242	0.1192	0.0947	-0.0111	0.8596	0.1876	-0.0282	0.0032	-0.1949	0.1171	-0.001	0.5055	-0.024	0.012	0.4697	-0.0654	0.5703	123.0255	40.2016	11.1358
4	1.5394	0.7738	-0.5417	0.5069	-0.2072	1.0495	0.0751	0.0325	0.3588	0.0035	-0.1636	-0.3106	-0.1032	0.2106	0.0005	0.3536	0.0007	-0.0909	0.3838	0.0135	0.4423	131.2444	35.0607	7.3894
5	2.1352	-0.9967	0.3326	0.5537	-0.2419	0.1464	0.1159	-0.5146	-0.9892	0.224	-0.0341	0.5292	-0.0524	-0.0945	0.0929	0.4979	-0.0497	0.1717	0.6372	0.2337	0.4149	107.7654	12.4889	21.0039
6	0.2873	-0.122	-0.2807	0.1892	0.4929	1.5126	0.0163	-0.1461	-0.3435	0.3539	0.3531	0.4204	0.3101	0.021	0.0739	0.4771	-0.0135	-0.0005	0.448	0.1484	0.9813	106.2964	10.4881	6.4926
7	0.6252	0.6272	0.0691	0.7046	-0.063	0.0426	0.1649	0.0191	-0.09	-0.0128	-0.0063	0.4442	-0.1053	-0.1076	-0.0001	0.459	-0.0092	0.0353	0.4697	0.0632	0.5292	111.5237	17.3007	12.0898
8	2.116	-1.3932	0.0684	2.7986	0.6244	0.2687	0.0524	-0.206	-1.0495	0.3284	0.0046	1.0184	0.03	0.4779	-0.2735	0.677	-0.0956	-0.0748	0.7781	0.1729	0.6564	106.2316	1.6494	15.3661
9	0.2262	-0.3045	0.1473	0.3466	-0.1314	0.074	0.0267	-0.0391	-0.3286	-0.1124	0.1528	0.0287	0.1915	0.175	-0.0001	0.5161	-0.0126	-0.0493	0.5906	0.0983	1.12	120.8661	-1.4367	10.9755
10	0.2968	-0.1132	-0.0073	0.1449	0.2914	0.8869	0.5245	0.0507	-0.587	0.31	0.5131	0.7317	0.5239	0.0801	0.0354	0.5469	0.1173	-0.0548	0.708	-0.0207	1.4085	124.5099	-10.9633	5.3687

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 0 through 8 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 140 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 141 through 205 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 206 through 328 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 329 through 370 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 371 through 397 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 398 through 493 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 494 through 522 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 523 through 563 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 564 through 595 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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