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- PDB-4tyv: Ensemble refinement of the E502A variant of sacteLam55A from Stre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tyv
タイトルEnsemble refinement of the E502A variant of sacteLam55A from Streptomyces sp. SirexAA-E in complex with glucose
要素Putative secreted protein
キーワードHYDROLASE / exo-beta-1 / 3-glucanase / beta-1 / GH55 / glucose / secreted / biomass degradation
機能・相同性glucan 1,3-beta-glucosidase / glucan exo-1,3-beta-glucosidase activity / glucan catabolic process / Pectin lyase fold / extracellular region / beta-D-glucopyranose / Exo-beta-1,3-glucanase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. SirexAA-E (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Yik, E.J. / Bergeman, L.F. / Fox, B.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Active site and laminarin binding in glycoside hydrolase family 55.
著者: Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Deutsch, S. / Udell, H.S. / Yik, E.J. / Bergeman, L.F. / Fox, B.G.
履歴
登録2014年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22015年4月1日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.32015年5月20日Group: Database references
改定 1.42017年11月22日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative secreted protein
B: Putative secreted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6588
ポリマ－118,1672
非ポリマー4906
水9,062503
1
A: Putative secreted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2083
ポリマ－59,0841
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative secreted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4505
ポリマ－59,0841
非ポリマー3664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.939, 100.055, 99.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
モデル数25

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要素

#1: タンパク質 Putative secreted protein


分子量: 59083.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. SirexAA-E (バクテリア)
遺伝子: SACTE_4363 / プラスミド: PVP67K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G2NFJ9
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein Solution (20 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, and 0.010 M MOPS pH 7) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (20% PEG 3350, 125mM NaCH02, and 100mM BTP pH 6.5). Cryoprotected with 20% ...詳細: Protein Solution (20 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, and 0.010 M MOPS pH 7) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (20% PEG 3350, 125mM NaCH02, and 100mM BTP pH 6.5). Cryoprotected with 20% PEG 3350, 125mM NaCH02, 75mM Glucose, 100mM BTP pH 6.5 and 15% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月8日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 123726 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.ENSEMBLE_REFINEMENT: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PEW

4pew


解像度: 1.75→24.27 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.143 5256 5.01 %
Rwork0.11 --
obs0.112 104912 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8339 0 32 503 8874
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.76990.21031660.1392892X-RAY DIFFRACTION87
1.7699-1.79070.17491590.12783062X-RAY DIFFRACTION91
1.7907-1.81250.16181680.12183091X-RAY DIFFRACTION93
1.8125-1.83550.15611550.11743230X-RAY DIFFRACTION96
1.8355-1.85960.17551800.11713358X-RAY DIFFRACTION99
1.8596-1.88510.17331700.11283287X-RAY DIFFRACTION100
1.8851-1.9120.16571950.11023343X-RAY DIFFRACTION100
1.912-1.94050.14571660.1033344X-RAY DIFFRACTION100
1.9405-1.97080.14651750.10243345X-RAY DIFFRACTION100
1.9708-2.00310.14821770.09793371X-RAY DIFFRACTION100
2.0031-2.03760.14851880.09123313X-RAY DIFFRACTION100
2.0376-2.07470.14121680.09153433X-RAY DIFFRACTION100
2.0747-2.11460.13421730.09473321X-RAY DIFFRACTION100
2.1146-2.15770.14071750.09393365X-RAY DIFFRACTION100
2.1577-2.20460.14191810.09053330X-RAY DIFFRACTION100
2.2046-2.25580.13611800.09593370X-RAY DIFFRACTION100
2.2558-2.31220.13891600.09093379X-RAY DIFFRACTION100
2.3122-2.37470.14021830.09083357X-RAY DIFFRACTION100
2.3747-2.44450.14191750.09443362X-RAY DIFFRACTION100
2.4445-2.52330.14041740.10153359X-RAY DIFFRACTION100
2.5233-2.61340.13121900.10193351X-RAY DIFFRACTION100
2.6134-2.71790.13561700.09663390X-RAY DIFFRACTION100
2.7179-2.84140.14051770.10073356X-RAY DIFFRACTION100
2.8414-2.9910.12261740.09793391X-RAY DIFFRACTION100
2.991-3.1780.12131770.10313373X-RAY DIFFRACTION100
3.178-3.42270.13351800.10583353X-RAY DIFFRACTION100
3.4227-3.7660.14671730.11363352X-RAY DIFFRACTION100
3.766-4.30830.12371780.12723384X-RAY DIFFRACTION100
4.3083-5.41810.14371830.12213356X-RAY DIFFRACTION98
5.4181-24.26720.18361860.1743438X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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