PDB-4tyl: Fragment-Based Screening of the Bromodomain of ATAD2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tyl

タイトル

Fragment-Based Screening of the Bromodomain of ATAD2

要素

ATPase family AAA domain-containing protein 2

キーワード

Hydrolase/Hydrolase inhibitor / Bromodomain / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleosome disassembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Harner, M.J. / Chauder, B.A. / Phan, J. / Fesik, S.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Fragment-Based Screening of the Bromodomain of ATAD2.
著者: Harner, M.J. / Chauder, B.A. / Phan, J. / Fesik, S.W.

履歴

登録	2014年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月3日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.label_alt_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tyl.cif.gz	77.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tyl.ent.gz	57.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4tyl_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tyl_full_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示
XML形式データ	4tyl_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	4tyl_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/4tyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/4tyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tz2C 4tz8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6epv-d 4qsr-d 6hia-d 6hi8-d 5a83-d 5a5p-d 5f36-d 5lj0-d 4tz8-d 5a82-d 4icx-2 5a5r-d 6eps-d 6epw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (4) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (4)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (4)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (4)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ATPase family AAA domain-containing protein 2

ヘテロ分子

15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.492, 79.492, 137.508
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1205- CL
2	1	A-1346- HOH
3	1	A-1395- HOH

#1: タンパク質	ATPase family AAA domain-containing protein 2 / AAA nuclear coregulator cancer-associated protein / ANCCA 分子量: 15453.514 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 981-1108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAD2, L16, PRO2000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) GOLD / 参照: UniProt: Q6PL18, EC: 3.6.1.3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-39O / 5-amino-1,3,6-trimethyl-1,3-dihydro-2H-benzimidazol-2-one / 1,3,6-トリメチル-5-アミノ-1H-ベンゾイミダゾ-ル-2(3H)-オン分子量: 191.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₃O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.69 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2.5 M (NH4)2SO4. Ligand-free crystals grown at 277K, then soaked with ligand at 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→38.183 Å / Num. obs: 22647 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.4 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.083 / Net I/av σ(I): 20.37 / Net I/σ(I): 20.37
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 23.1 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 3.61 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.85→38.183 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1972	2000	8.84 %
R_work	0.1605	-	-
obs	0.1637	22634	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.183 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1064	0	23	251	1338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	1125
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.494	1530
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.29	431
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	173
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	198

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.8958	0.2878	138	0.2387	1426	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8958-1.947	0.23	140	0.2	1444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.947-2.0043	0.2504	139	0.1907	1434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0043-2.069	0.1917	139	0.1731	1443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.069-2.143	0.1875	141	0.1634	1448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.143-2.2288	0.2092	140	0.1622	1440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2288-2.3302	0.2102	142	0.1578	1475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3302-2.453	0.2178	140	0.1673	1445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.453-2.6067	0.202	142	0.1723	1466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6067-2.8079	0.2213	143	0.1697	1475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8079-3.0903	0.1954	144	0.1741	1481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0903-3.5372	0.1886	146	0.1507	1502	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5372-4.4554	0.1408	147	0.1233	1518	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4554-38.1911	0.2197	159	0.1668	1637	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2184	-0.2266	0.2648	1.8631	-0.5915	2.9055	-0.1521	-0.0523	0.2448	-0.0522	0.06	-0.2635	-0.16	0.4158	0.113	0.1677	-0.0277	0.0128	0.1715	-0.0092	0.1766	35.6869	-24.9951	-6.0805
2	4.1984	1.2912	0.048	1.3891	0.2062	2.6951	0.2228	0.3242	0.8253	-0.1134	0.2744	0.3001	-0.3339	-1.1496	-0.4109	0.2002	0.0329	0.0117	0.4317	0.068	0.3204	15.3842	-26.4441	-0.6928
3	2.3201	0.236	-0.6812	2.1759	-0.134	3.6733	0.4452	-0.8137	0.9189	0.3482	-0.0736	0.1505	-0.9737	-0.2243	-0.3667	0.4002	0.0347	0.0974	0.5042	-0.1337	0.4548	18.9789	-19.6353	13.9725
4	2.6307	-0.1751	-0.4681	2.4937	-0.1793	2.238	-0.0242	-0.2538	0.2426	0.1745	0.1157	-0.2051	-0.4098	0.1998	-0.1061	0.2053	-0.0202	0.0173	0.2223	-0.0624	0.2421	32.9008	-21.0783	2.257
5	3.7978	0.649	-2.7389	1.5244	-0.0992	3.1554	0.0427	-0.9709	-0.0769	0.1003	-0.1071	-0.1942	0.0105	0.4763	0.0657	0.1599	-0.0084	-0.0194	0.3835	0.0005	0.2071	26.1859	-30.0262	8.7498
6	4.6178	3.484	-0.0525	2.9504	0.2757	0.3124	0.0321	-0.3699	0.1611	0.4475	0.3483	0.5552	0.0422	0.1614	-0.2233	0.2536	-0.0101	0.0083	0.5406	0.0018	0.2826	8.147	-34.3412	16.1129
7	5.0255	0.0198	-2.3056	0.8303	-0.2224	1.7847	-0.1815	-0.4047	-0.1542	-0.0062	0.024	-0.0589	0.2335	-0.0358	0.1938	0.1752	-0.0175	-0.0065	0.2803	0.0101	0.213	19.147	-34.9672	2.6708
8	7.2129	-0.7742	2.0315	3.6623	-0.3856	6.9769	-0.084	-1.0322	-0.1906	0.42	0.129	0.0023	-0.1259	0.2114	-0.084	0.1945	0.0217	0.0178	0.3906	-0.0083	0.2642	43.962	-33.4731	-0.8296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 979 through 1001 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1002 through 1009 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1010 through 1030 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1031 through 1045 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1046 through 1063 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1064 through 1068 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1069 through 1092 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1093 through 1108 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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