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万見
- PDB-4tyf: Structure of a Metallo-beta-lactamase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tyf
タイトルStructure of a Metallo-beta-lactamase
要素NDM-4
キーワードHYDROLASE / Metallo-Beta-Lactamase / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase NDM-4 / NDM-4
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Ferguson, J.A. / Makena, A. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100135 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a Metallo-beta-lactamase
著者: Ferguson, J.A. / Makena, A. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2014年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / diffrn_detector / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 2.22023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NDM-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4563
ポリマ－24,3251
非ポリマー1312
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area9810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.700, 59.080, 42.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NDM-4


分子量: 24325.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaNDM-4 / プラスミド: OPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: X2JGA4, UniProt: H6WZS9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.59 % / 解説: Rhombohedral
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG 1000 w/v, 10% PEG 8000 w/v / Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月12日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→41.33 Å / Num. all: 80791 / Num. obs: 80791 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 13.85 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER2.5.3位相決定
PHENIX1.8.2精密化
Coot0.6.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3SPU

3spu


解像度: 1.1→41.33 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 17.83
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1735 4056 5 %Random selection
Rwork0.1503 ---
obs0.1515 80763 98.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 11.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→41.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1706 0 2 246 1954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONBond_length0.017
X-RAY DIFFRACTIONBond_angle1.674

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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