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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tyd | ||||||
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タイトル | Structure-based design of a novel series of azetidine inhibitors of the hepatitis C virus NS3/4A serine protease | ||||||
![]() | NS3 protease | ||||||
![]() | HYDROLASE / Structure-based design / HCV NS3/4A serine protease / azetidine inhibitors / PROTEROS BIOSTRUCTURES GMBH | ||||||
機能・相同性 | ![]() transformation of host cell by virus / host cell membrane / serine-type peptidase activity / virion component / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / proteolysis / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Parsy, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based design of a novel series of azetidine inhibitors of the hepatitis C virus NS3/4A serine protease. 著者: Parsy, C. / Alexandre, F.R. / Brandt, G. / Caillet, C. / Cappelle, S. / Chaves, D. / Convard, T. / Derock, M. / Gloux, D. / Griffon, Y. / Lallos, L. / Leroy, F. / Liuzzi, M. / Loi, A.G. / ...著者: Parsy, C. / Alexandre, F.R. / Brandt, G. / Caillet, C. / Cappelle, S. / Chaves, D. / Convard, T. / Derock, M. / Gloux, D. / Griffon, Y. / Lallos, L. / Leroy, F. / Liuzzi, M. / Loi, A.G. / Moulat, L. / Musiu, C. / Rahali, H. / Roques, V. / Seifer, M. / Standring, D. / Surleraux, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 878.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 741 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21461.828 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-3EO / ( #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年3月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.84→49.15 Å / Num. obs: 57364 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.133 |
反射 シェル | 解像度: 2.84→2.91 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.793 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.324 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.84→49.15 Å
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拘束条件 |
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