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- PDB-4ty0: Crystal structure of Vibrio cholerae DncV cyclic AMP-GMP synthase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ty0
タイトルCrystal structure of Vibrio cholerae DncV cyclic AMP-GMP synthase in complex with linear intermediate 5' pppA(3',5')pG
要素Cyclic AMP-GMP synthase
キーワードTRANSFERASE / nucleotidyl transferase / cyclic nucleotide synthase / cGAS
機能・相同性
機能・相同性情報


3',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic nucleotide biosynthetic process / negative regulation of chemotaxis / diguanylate cyclase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Cyclic GMP-AMP synthase, C-terminal domain / : / Cyclic GMP-AMP synthase DncV-like, nucleotidyltransferase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-38V / ACETATE ION / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kranzusch, P.J. / Lee, A.S.Y. / Wilson, S.C. / Solovykh, M.S. / Vance, R.E. / Berger, J.M. / Doudna, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Structure-Guided Reprogramming of Human cGAS Dinucleotide Linkage Specificity.
著者: Kranzusch, P.J. / Lee, A.S. / Wilson, S.C. / Solovykh, M.S. / Vance, R.E. / Berger, J.M. / Doudna, J.A.
履歴
登録2014年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic AMP-GMP synthase
B: Cyclic AMP-GMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,90811
ポリマ－93,9332
非ポリマー1,9759
水9,548530
1
A: Cyclic AMP-GMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0427
ポリマ－46,9661
非ポリマー1,0766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cyclic AMP-GMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8654
ポリマ－46,9661
非ポリマー8993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.329, 59.596, 102.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cyclic AMP-GMP synthase / c-AMP-GMP synthase / Dinucleotide cyclase DncV


分子量: 46966.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: dncV, VC_0179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KVG7, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-38V / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-[[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]methyl]phosphinic acid


分子量: 850.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N10O19P4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30 mM HEPES-KOH pH 7.5, 200-300 mM Mg(OAc)2 and 20-22% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.2818 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2818 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.345 Å / Num. obs: 76362 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 9.7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→45.345 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2059 1931 2.58 %10
Rwork0.1726 ---
obs0.1734 74879 95.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5967 0 124 530 6621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096209
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2018390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0522413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052913
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061065
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.40021010.39213810X-RAY DIFFRACTION71
1.845-1.89490.35781320.34794990X-RAY DIFFRACTION93
1.8949-1.95070.33411380.29395221X-RAY DIFFRACTION97
1.9507-2.01360.27821390.24655264X-RAY DIFFRACTION97
2.0136-2.08560.24141390.22125249X-RAY DIFFRACTION97
2.0856-2.16910.2431400.19575263X-RAY DIFFRACTION98
2.1691-2.26780.23681410.17785336X-RAY DIFFRACTION98
2.2678-2.38740.18451400.17035292X-RAY DIFFRACTION98
2.3874-2.53690.19391410.16635334X-RAY DIFFRACTION99
2.5369-2.73280.2031420.16875349X-RAY DIFFRACTION98
2.7328-3.00780.19291420.17025390X-RAY DIFFRACTION99
3.0078-3.44290.20891440.16025418X-RAY DIFFRACTION99
3.4429-4.33710.18191440.13755453X-RAY DIFFRACTION99
4.3371-45.35970.16671480.14725579X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.67590.2115-0.53482.63560.31632.6524-0.02090.2927-0.0979-0.09410.08380.2444-0.0222-0.2275-0.09780.2112-0.0179-0.00370.2211-0.0160.271562.381548.424-17.0344
24.956-1.532.57852.3454-1.38213.8190.05-0.50560.05630.03440.1452-0.0004-0.0286-0.1748-0.13450.24570.02290.0480.257-0.03920.192784.063636.688614.3241
33.54931.09281.24392.8976-0.172.6091-0.0251-0.2071-0.5630.04710.1585-0.67330.16010.416-0.08830.24650.06730.00740.456-0.00040.4357100.294925.345117.6797
43.9853-3.34064.56443.3816-2.91877.54-0.4546-0.15420.48110.36890.1259-0.5049-0.48310.36370.31060.2811-0.05340.01570.3309-0.06350.27892.752343.702812.981
51.47260.20811.21211.07720.19562.15090.0128-0.1218-0.0664-0.03230.0201-0.0060.01350.1804-0.01130.3037-0.01140.03130.2537-0.02120.225183.094440.9025-0.7249
61.21420.3322-0.31671.9071-0.65011.41680.03480.01570.1085-0.00360.0159-0.0108-0.10990.1925-0.02430.26060.00160.02630.2479-0.01970.218288.066437.77566.4501
72.87951.2107-0.90724.0703-0.04594.3681-0.113-0.21120.4769-0.31220.225-0.2942-0.58460.2819-0.23210.3612-0.045-0.02840.4112-0.03450.326995.630549.20023.9085
82.1702-0.14370.47961.8762-0.53181.4561-0.05490.03370.37920.08520.0516-0.0893-0.33450.0404-0.00750.2749-0.0264-0.00460.1901-0.00280.262978.24253.0446-15.2974
91.86560.81620.10752.83812.70737.34680.09520.1106-0.08290.22010.1111-0.26-0.4020.8531-0.24190.3161-0.106-0.01110.3925-0.02580.352494.450651.1458-17.0052
102.5418-1.23191.63782.2622-0.02281.45530.02550.7516-0.1729-0.15540.0521-0.0035-0.15690.2475-0.05310.3519-0.02350.01560.36220.00820.213179.803144.8782-27.9932
113.3478-0.1134-1.0252.4528-0.67823.84750.28470.5833-0.2682-0.4033-0.12270.57130.1655-0.5662-0.15010.3278-0.011-0.07010.3318-0.04180.325261.138845.3379-25.445
122.4756-0.0264-0.20941.8702-0.01143.14350.06460.1969-0.1537-0.14710.00460.3385-0.0784-0.2861-0.08360.2090.0053-0.00730.225-0.03840.265455.168649.073436.1119
134.4615-0.38341.46552.6323-0.80632.6187-0.1959-0.4014-0.11330.43330.1441-0.1361-0.25750.00140.06850.2630.011-0.01430.21680.01190.178579.392938.102363.7335
143.72230.37542.99281.8031-0.1625.75340.07140.0925-0.43220.0313-0.0133-0.77820.23980.86570.06070.30210.111-0.06090.59830.11920.529796.186627.265765.5006
153.3224-1.35531.39512.0503-0.78093.4559-0.3948-0.54850.71620.8858-0.1081-0.9202-0.80740.47930.27090.4231-0.1866-0.27360.3990.05090.482687.688845.423861.6001
161.4049-1.35091.08031.9027-1.14092.4810.015-0.02660.04410.0619-0.1273-0.04560.04960.14660.10730.2235-0.01470.02960.22230.01110.21975.379541.846847.7869
173.11510.6957-0.1662.7713-1.29162.28450.05870.1431-0.0861-0.1465-0.1337-0.24850.05650.3510.04970.20180.02860.02810.23940.01090.235281.974531.648552.8985
184.28164.3572.08389.42183.83833.6404-0.1975-0.21880.3598-0.0758-0.0403-0.5423-0.39280.5106-0.14240.3099-0.0593-0.06440.36870.05290.357985.404947.450854.2423
190.9723-1.21291.37152.9324-1.60272.9083-0.09280.21380.36160.2077-0.2535-0.5857-0.24760.64120.22950.2412-0.09990.01550.3390.0470.323583.387252.257446.0878
201.63530.0897-0.18863.2385-0.37132.12620.07650.18850.1412-0.2329-0.074-0.0788-0.091-0.0037-0.00790.20620.02450.01230.20380.03160.17469.662453.026131.6821
211.40220.1087-0.12782.13782.00776.56610.1747-0.10190.0479-0.1190.1421-0.7547-0.32251.2105-0.44440.2863-0.02820.06260.42620.04340.414286.626952.556531.7503
229.1794-3.19230.76932.6389-0.61241.87160.26930.58790.0906-0.4757-0.3448-0.02370.06760.06820.05380.42260.06670.01070.336-0.02470.212570.745446.395821.918
230.59130.4826-0.75542.4058-1.48324.04430.29820.5883-0.5354-0.6145-0.18430.73650.5569-0.704-0.12340.37520.0252-0.14120.3902-0.1110.372553.004645.21826.6261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 94 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 95 through 118 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 119 through 151 )
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12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 5 through 26 )
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17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 152 through 189 )
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21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 341 through 361 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 362 through 382 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 383 through 411 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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