PDB-4txg: Crystal Structure of a Family GH18 Chitinase from Chromobacterium...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4txg

タイトル

Crystal Structure of a Family GH18 Chitinase from Chromobacterium violaceum

要素

Chitinase

キーワード

HYDROLASE / Chitinase Family GH18 Chitinase

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromobacterium violaceum (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Pereira, H.M. / Teixeira, C.S. / Grangeiro, T.B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of a Family GH18 Chitinase from Chromobacterium violaceum
著者: Pereira, H.M. / Teixeira, C.S. / Grangeiro, T.B.

履歴

登録	2014年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4txg.cif.gz	295.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4txg.ent.gz	232.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4txg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4txg_validation.pdf.gz	430 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4txg_full_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示
XML形式データ	4txg_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	4txg_validation.cif.gz	55.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tx8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n7j-d 2qpd-d 3eh3-d 4f7i-1 2qpe-d 1mw3-d 3n9o-d 5j7w-1 3wd2-d 3eh5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase

ヘテロ分子

86.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.866, 126.866, 93.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Chitinase 分子量: 84807.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア) 株: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757 遺伝子: CV_3316 / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q7NSV3
#2: 化合物	ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン分子量: 132.905 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1006 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200mM Litium Sulphate, 100mM Hepes pH 7.5, 25% Peg 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月7日

放射

モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 169502 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / R_merge F obs: 0.103 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 1.19 / Net I/σ(I): 16.48 / Num. measured all: 1085043

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.79		2.5	0.661	0.425	2.37	30233	12686	11667	0.529	92
1.79-1.84			0.508	0.389	3.27	42843	12291	12122	0.459	98.6
1.84-1.9			0.328	0.334	4.87	60858	12013	11976	0.373	99.7
1.9-1.95			0.224	0.267	6.71	70723	11698	11646	0.292	99.6
1.95-2.02			0.18	0.225	8.04	70178	11235	11216	0.245	99.8
2.02-2.09			0.146	0.183	10.01	70452	10905	10878	0.199	99.8
2.09-2.17			0.121	0.158	11.65	70746	10499	10492	0.171	99.9
2.17-2.26			0.103	0.141	13.47	70773	10143	10134	0.152	99.9
2.26-2.36			0.089	0.127	15.13	71405	9770	9767	0.137	100
2.36-2.47			0.077	0.113	17.03	69837	9247	9246	0.121	100
2.47-2.61			0.066	0.1	19.01	67315	8835	8834	0.107	100
2.61-2.76			0.056	0.086	21.72	63769	8355	8354	0.092	100
2.76-2.96			0.049	0.075	24.35	59649	7825	7824	0.081	100
2.96-3.19			0.039	0.062	28.65	55376	7301	7299	0.067	100
3.19-3.5			0.031	0.053	32.79	50577	6738	6738	0.057	100
3.5-3.91			0.026	0.045	36.9	45391	6073	6073	0.048	100
3.91-4.51			0.021	0.04	40.6	40255	5362	5360	0.043	100
4.51-5.53			0.02	0.038	41.31	34000	4506	4499	0.041	99.8
5.53-7.82			0.019	0.04	40.94	26543	3492	3490	0.043	99.9
	7.82		0.016	0.036	45.51	14120	1914	1887	0.039	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
SHELXDE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
GDA		データ収集
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→37.973 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 16.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1758	8483	5 %	Random selection
R_work	0.1572	161016	-	-
obs	0.1581	169499	99.16 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 334.47 Å² / B_iso mean: 17.8856 Å² / B_iso min: 5.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→37.973 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5181	0	14	1006	6201
B_iso mean	-	-	121.06	31.18	-
残基数	-	-	-	-	679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5330
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.034	7267
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	756
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	957
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.882	1864

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7678	0.2524	239	0.2265	4600	X-RAY DIFFRACTION	84
1.7678-1.7886	0.22	276	0.2115	5253	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7886-1.8105	0.2342	277	0.2027	5299	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8105-1.8334	0.2052	281	0.1956	5362	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8334-1.8575	0.1996	284	0.1856	5410	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8575-1.8829	0.1902	282	0.1734	5344	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8829-1.9098	0.189	283	0.1716	5356	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9098-1.9383	0.1874	285	0.1607	5415	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9383-1.9686	0.1871	286	0.1559	5421	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9686-2.0009	0.1965	282	0.1627	5392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0009-2.0354	0.1831	286	0.1536	5409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0354-2.0724	0.1741	286	0.1481	5410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0724-2.1123	0.1687	284	0.151	5419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1123-2.1554	0.1985	282	0.1496	5394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1554-2.2022	0.2006	281	0.1539	5354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2022-2.2535	0.2033	293	0.1499	5480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2535-2.3098	0.1502	280	0.1477	5372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3098-2.3723	0.1731	284	0.1518	5377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3723-2.4421	0.1716	288	0.1527	5464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4421-2.5209	0.1828	281	0.1525	5394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5209-2.6109	0.1793	287	0.1552	5400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6109-2.7155	0.1932	284	0.153	5422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7155-2.839	0.18	286	0.1632	5393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.839-2.9886	0.1941	287	0.1579	5405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9886-3.1758	0.1758	283	0.1516	5431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1758-3.4208	0.1658	287	0.1538	5444	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4208-3.7648	0.1469	288	0.1367	5399	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7648-4.3089	0.1437	284	0.1286	5405	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3089-5.4263	0.1388	287	0.1302	5417	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4263-37.9818	0.2024	290	0.19	5375	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8998	-0.1237	0.23	0.5488	-0.1669	0.6653	-0.0051	0.044	0.0235	-0.0358	-0.0206	-0.0902	-0.0465	0.0539	0.0265	0.1132	-0.0106	0.0097	0.055	0.0135	0.0776	71.985	-5.742	5.3204
2	0.2486	-0.2275	0.1435	1.5282	-0.8278	0.9462	0.0086	0.0352	-0.0149	-0.0716	0.0398	0.1082	-0.009	-0.0726	-0.0489	0.0899	0.0015	0.0005	0.0742	-0.0036	0.0681	58.6893	-16.5849	-1.2781
3	0.5285	-0.1152	-0.2411	0.3333	0.0986	0.7146	0.0151	-0.0037	-0.0408	-0.0069	-0.0145	-0.002	0.0099	0.0159	-0.0012	0.0783	-0.0041	0.0054	0.0432	-0.0009	0.079	65.8771	-19.4089	16.9627
4	1.0188	0.0495	-0.0656	0.4959	-0.1457	0.6014	0.0186	-0.0093	0.0694	0.0236	0.0192	0.111	-0.0691	-0.1296	-0.0286	0.1032	0.012	0.0136	0.0668	-0.0037	0.0803	51.03	-6.0672	20.7596
5	1.1285	-0.2903	0.0867	0.4272	0.0462	0.4592	-0.0274	-0.0245	-0.0511	0.0468	0.0343	-0.0753	0.0812	0.0906	-0.0035	0.1038	0.0208	-0.007	0.0875	0.0001	0.0953	85.906	-27.0709	23.3653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 107 through 189 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 190 through 337 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 338 through 440 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 441 through 654 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 655 through 793 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)