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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4txd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thermofilum pendens Csc2 | ||||||
要素 | Csc2 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / RRM domain / CRISPR / prokaryotic immune system / Cas7 / RNA binding / Type I-D | ||||||
機能・相同性 | CRISPR-associated protein Csc2 / Csc2 Crispr / metal ion binding / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermofilum pendens (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.818 Å | ||||||
データ登録者 | Hrle, A. / Conti, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2014 タイトル: Structural analyses of the CRISPR protein Csc2 reveal the RNA-binding interface of the type I-D Cas7 family. 著者: Hrle, A. / Maier, L.K. / Sharma, K. / Ebert, J. / Basquin, C. / Urlaub, H. / Marchfelder, A. / Conti, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4txd.cif.gz | 96 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4txd.ent.gz | 71.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4txd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4txd_validation.pdf.gz | 434.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4txd_full_validation.pdf.gz | 437.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4txd_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4txd_validation.cif.gz | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43402.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermofilum pendens (古細菌) / 遺伝子: Tpen_1325 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1RZU2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.25 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M KCl, 0.01 M MgCl2, 5% Peg 8000 and 17% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.818→46.22 Å / Num. obs: 50368 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 25.13 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1678) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.818→46.218 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 23.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.818→46.218 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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