PDB-4txd: Crystal structure of Thermofilum pendens Csc2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4txd

タイトル

Crystal structure of Thermofilum pendens Csc2

要素

Csc2

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RRM domain / CRISPR / prokaryotic immune system / Cas7 / RNA binding / Type I-D

機能・相同性

CRISPR-associated protein Csc2 / Csc2 Crispr / metal ion binding / Type I-D CRISPR-associated protein Cas7/Csc2

機能・相同性情報

生物種

Thermofilum pendens (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.818 Å

データ登録者

Hrle, A. / Conti, E.

引用

ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural analyses of the CRISPR protein Csc2 reveal the RNA-binding interface of the type I-D Cas7 family.
著者: Hrle, A. / Maier, L.K. / Sharma, K. / Ebert, J. / Basquin, C. / Urlaub, H. / Marchfelder, A. / Conti, E.

履歴

登録	2014年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4txd.cif.gz	96 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4txd.ent.gz	71.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4txd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4txd_validation.pdf.gz	434.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4txd_full_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示
XML形式データ	4txd_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	4txd_validation.cif.gz	31.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/4txd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n0l
類似構造データ	6mp5-3 6hh9-2 6spl-d 6y81-d 6mo6-2 2aq2-d 6y7z-d 6y7x-d 6ejk-1 6hh9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Csc2

ヘテロ分子

43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.951, 112.591, 60.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-526- HOH
2	1	A-567- HOH

#1: タンパク質	Csc2 分子量: 43402.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermofilum pendens (古細菌) / 遺伝子: Tpen_1325 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1RZU2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M KCl, 0.01 M MgCl2, 5% Peg 8000 and 17% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.818→46.22 Å / Num. obs: 50368 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 25.13

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1678) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.818→46.218 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 23.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2121	4771	4.99 %
R_work	0.1815	-	-
obs	0.1831	95534	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.818→46.218 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2627	0	1	493	3121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2790
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.102	3782
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.15	1073
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	422
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	489

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.818-1.8387		0.3715	151	0.3288	2850	92
1.8387-1.8603		0.3515	160	0.3184	2964	100
1.8603-1.883		0.318	168	0.3083	3059	100
1.883-1.9069		0.3052	161	0.2991	3015	100
1.9069-1.9319		0.3359	159	0.2926	3040	100
1.9319-1.9584		0.33	160	0.2958	3053	100
1.9584-1.9864		0.3093	157	0.2651	3009	100
1.9864-2.016		0.2734	159	0.2482	3073	100
2.016-2.0475		0.287	153	0.2479	2973	100
2.0475-2.0811		0.2746	164	0.2376	3095	100
2.0811-2.117		0.2819	156	0.2271	2979	100
2.117-2.1555		0.2281	153	0.2182	3061	100
2.1555-2.197		0.2823	154	0.2131	3070	100
2.197-2.2418		0.2286	156	0.2096	3070	100
2.2418-2.2905		0.2913	157	0.2057	3001	100
2.2905-2.3438		0.2494	159	0.2103	3013	100
2.3438-2.4024		0.2405	164	0.2056	3077	100
2.4024-2.4674		0.2114	160	0.201	3017	100
2.4674-2.54		0.2831	161	0.1934	3013	100
2.54-2.622		0.251	159	0.1928	3047	100
2.622-2.7157		0.2015	161	0.1833	3042	100
2.7157-2.8244		0.2069	154	0.1779	3012	100
2.8244-2.9529		0.1935	159	0.1843	3043	100
2.9529-3.1086		0.1886	163	0.1708	3024	100
3.1086-3.3033		0.2003	157	0.1664	3061	100
3.3033-3.5582		0.1902	163	0.1537	3033	100
3.5582-3.9161		0.1989	164	0.1473	3030	100
3.9161-4.4824		0.1382	154	0.1221	3036	100
4.4824-5.6458		0.1677	159	0.1363	2976	98
	5.6458	0.1606	166	0.1602	3027	99

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