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- PDB-4txc: Crystal Structure of DAPK1 kinase domain in complex with a small ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4txc
タイトルCrystal Structure of DAPK1 kinase domain in complex with a small molecule inhibitor
要素Death-associated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / protein-ligand complex / kinase / small-molecule / catalytic domain / protein kinase / protein binding / protein kinase inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to hydroperoxide / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / defense response to tumor cell / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of NMDA receptor activity / syntaxin-1 binding / : ...cellular response to hydroperoxide / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / defense response to tumor cell / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of NMDA receptor activity / syntaxin-1 binding / : / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of autophagy / apoptotic signaling pathway / regulation of autophagy / cellular response to type II interferon / actin cytoskeleton / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / negative regulation of translation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / negative regulation of apoptotic process / GTP binding / apoptotic process / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Death-associated protein kinase 1 / Roc domain profile. / Roc domain / Ankyrin repeats (many copies) / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat ...Death-associated protein kinase 1 / Roc domain profile. / Roc domain / Ankyrin repeats (many copies) / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-38G / Death-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.951 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Wilbek, T.S. / Skovgaard, T. / Berthelsen, J. / Dixon-Clarke, S. / Chalk, R. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Wilbek, T.S. / Skovgaard, T. / Berthelsen, J. / Dixon-Clarke, S. / Chalk, R. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Stromgaard, K. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Identification and characterization of a small-molecule inhibitor of death-associated protein kinase 1.
著者: Wilbek, T.S. / Skovgaard, T. / Sorrell, F.J. / Knapp, S. / Berthelsen, J. / Strmgaard, K.
履歴
登録2014年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Death-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5718
ポリマ－34,7651
非ポリマー8067
水4,954275
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.900, 77.290, 110.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Death-associated protein kinase 1 / DAP kinase 1


分子量: 34765.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAPK1, DAPK / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P53355, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-38G / 4-(3-{3-[(R)-{[2-(dimethylamino)ethyl]amino}(hydroxy)methyl]phenyl}imidazo[1,2-b]pyridazin-6-yl)-2-methoxyphenol


分子量: 433.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N5O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG6000, 10% ethylene glycol, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.2M sodium chloride, 293K, using previously frozen protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2004年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.951→36.465 Å / Num. all: 31708 / Num. obs: 31708 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.951→2 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1682)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YAK, 3EH9

2yak

3eh9


解像度: 1.951→36.465 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 1559 4.93 %
Rwork0.1797 --
obs0.1815 31654 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.951→36.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2212 0 56 275 2543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0163117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.836854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005399
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.951-2.0140.25281240.22572706X-RAY DIFFRACTION100
2.014-2.0860.25281720.20782689X-RAY DIFFRACTION100
2.086-2.16950.23031310.19262688X-RAY DIFFRACTION100
2.1695-2.26820.21481360.18522677X-RAY DIFFRACTION99
2.2682-2.38780.22731430.18312717X-RAY DIFFRACTION100
2.3878-2.53740.23141360.18952717X-RAY DIFFRACTION100
2.5374-2.73320.2451430.19122712X-RAY DIFFRACTION100
2.7332-3.00810.23441300.17762759X-RAY DIFFRACTION100
3.0081-3.44310.20451410.18342742X-RAY DIFFRACTION99
3.4431-4.33690.20251450.16282791X-RAY DIFFRACTION100
4.3369-36.47120.19331580.17022897X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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