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- PDB-4tx7: Crystal structure of chitinase (GH19) from Vigna unguiculata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tx7
タイトルCrystal structure of chitinase (GH19) from Vigna unguiculata
要素Class I chitinase
キーワードHYDROLASE / Chitinase Family 19 Glycoside Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / defense response to fungus / cell wall macromolecule catabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. ...Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vigna unguiculata subsp. sesquipedalis (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Pereira, H.M. / Castro-Landin, P.G. / Brandao-Neto, J. / Grangeiro, T.B.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP) ブラジル
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2017
タイトル: Production in Pichia pastoris, antifungal activity and crystal structure of a class I chitinase from cowpea (Vigna unguiculata): Insights into sugar binding mode and hydrolytic action.
著者: Landim, P.G. / Correia, T.O. / Silva, F.D. / Nepomuceno, D.R. / Costa, H.P. / Pereira, H.M. / Lobo, M.D. / Moreno, F.B. / Brandao-Neto, J. / Medeiros, S.C. / Vasconcelos, I.M. / Oliveira, J.T. ...著者: Landim, P.G. / Correia, T.O. / Silva, F.D. / Nepomuceno, D.R. / Costa, H.P. / Pereira, H.M. / Lobo, M.D. / Moreno, F.B. / Brandao-Neto, J. / Medeiros, S.C. / Vasconcelos, I.M. / Oliveira, J.T. / Sousa, B.L. / Barroso-Neto, I.L. / Freire, V.N. / Carvalho, C.P. / Monteiro-Moreira, A.C. / Grangeiro, T.B.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class I chitinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5541
ポリマ－26,5541
非ポリマー00
水6,864381
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.320, 69.320, 114.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Class I chitinase


分子量: 26554.355 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-287 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vigna unguiculata subsp. sesquipedalis (マメ科)
プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: Q9FUH3, chitinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2.0M Sodium formate, 100mM Sodium acetate trihydrate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 25/09/2011
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→53.21 Å / Num. obs: 46943 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-IDRejects% possible all
1.55-1.595.40.6572.41099.3
6.93-53.214.60.0591098

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
xia2データスケーリング
GDAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CQL

3cql


解像度: 1.55→53.205 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1732 2369 5.05 %
Rwork0.1491 44534 -
obs0.1503 46903 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.69 Å2 / Biso mean: 21.9522 Å2 / Biso min: 10.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→53.205 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1874 0 0 381 2255
Biso mean---35.9 -
残基数----245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.462688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.727699
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.58170.28071290.23422608X-RAY DIFFRACTION99
1.5817-1.61610.23341360.21352571X-RAY DIFFRACTION99
1.6161-1.65360.19011480.192544X-RAY DIFFRACTION99
1.6536-1.6950.23131310.1752587X-RAY DIFFRACTION100
1.695-1.74080.18791440.1642584X-RAY DIFFRACTION99
1.7408-1.79210.19181440.15822565X-RAY DIFFRACTION100
1.7921-1.84990.18731500.15482588X-RAY DIFFRACTION100
1.8499-1.9160.16551340.15562624X-RAY DIFFRACTION100
1.916-1.99270.16071350.1512568X-RAY DIFFRACTION100
1.9927-2.08340.17451220.14322654X-RAY DIFFRACTION100
2.0834-2.19330.18611450.13942590X-RAY DIFFRACTION100
2.1933-2.33070.16731440.1432632X-RAY DIFFRACTION100
2.3307-2.51070.16131370.14372619X-RAY DIFFRACTION100
2.5107-2.76330.4751500.13942649X-RAY DIFFRACTION100
2.7633-3.16310.15711310.14972676X-RAY DIFFRACTION100
3.1631-3.9850.16881450.14132669X-RAY DIFFRACTION100
3.985-53.230.18021440.13772806X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5755-0.3047-0.16691.80280.21211.9820.13770.0406-0.36290.0122-0.0487-0.01870.34790.0612-0.03080.24740.0131-0.01320.1057-0.02050.1843-35.72465.7868-11.7221
21.5595-0.4714-0.09251.21220.22361.32570.0189-0.0348-0.13620.00260.01340.02070.18620.0049-0.04330.1646-0.0239-0.00150.0943-0.00350.1229-39.608513.6023-7.9203
32.5182-0.4753-0.13891.13840.11521.53190.12880.09940.2978-0.1611-0.0579-0.0329-0.1002-0.0912-0.05810.1526-0.00370.0260.11520.01670.1442-44.332927.9176-13.9705
40.39670.4186-0.33760.94631.3786.2721-0.02390.0287-0.0269-0.23670.177-0.1545-0.59850.3853-0.16190.2135-0.06470.01620.1721-0.02180.1949-30.178627.46634.6165
51.4037-0.4062-0.40991.15260.41631.5091-0.0222-0.0968-0.0759-0.0010.0430.02720.1020.0488-0.00760.1645-0.0042-0.00870.13660.01480.1356-39.044416.38056.1662
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 43 through 69 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 70 through 141 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 142 through 203 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 204 through 234 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 235 through 287 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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