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万見
- PDB-4tx1: The crystal structure of carbohydrate acetylesterase family membe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tx1
タイトルThe crystal structure of carbohydrate acetylesterase family member from Sinorhizobium meliloti
要素Esterase
キーワードHYDROLASE / SGNH-hydrolase / acetylesterase / SGNH-family
機能・相同性
機能・相同性情報


arylesterase / arylesterase activity
類似検索 - 分子機能
SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kim, K. / Kim, S.S. / Pandian, R. / Ngo, T.D.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Structural and biochemical characterization of a carbohydrate acetylesterase from Sinorhizobium meliloti 1021.
著者: Kim, K. / Ryu, B.H. / Kim, S.S. / An, D.R. / Ngo, T.D. / Pandian, R. / Kim, K.K. / Kim, T.D.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase
B: Esterase
C: Esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0553
ポリマ－73,0553
非ポリマー00
水12,629701
1
A: Esterase
B: Esterase
C: Esterase

A: Esterase
B: Esterase
C: Esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,1096
ポリマ－146,1096
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area13810 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area43520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.238, 126.238, 191.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-334-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Esterase


分子量: 24351.555 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)
遺伝子: R01448, SMc01033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7APD5, arylesterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 701 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 285 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: Crystal Screen I No. 44 0.2 M magnesium formate dehydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 77446 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.503 / Net I/av σ(I): 59.545 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 1076704
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.75-1.789.40.46837611.31198.5
1.78-1.8111.20.42938521.331100
1.81-1.85130.3638291.344100
1.85-1.8913.40.31138081.375100
1.89-1.9313.70.25938551.427100
1.93-1.9713.90.22338271.444100
1.97-2.0214.10.18738261.468100
2.02-2.0714.30.15538831.493100
2.07-2.1414.50.13838091.509100
2.14-2.214.60.11238641.537100
2.2-2.2814.70.09638621.566100
2.28-2.3814.80.08838491.546100
2.38-2.4814.80.07438811.55100
2.48-2.6114.80.06538691.556100
2.61-2.7814.80.05738741.531100
2.78-2.9914.80.04839111.518100
2.99-3.2914.70.0438951.525100
3.29-3.7714.50.03539271.52299.9
3.77-4.7514.30.03339591.54399.7
4.75-5013.60.03441051.79498.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q0Q

2q0q


解像度: 1.75→32.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.763 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1884 3888 5 %RANDOM
Rwork0.1546 73375 --
obs0.1564 77263 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.76 Å2 / Biso mean: 18.62 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→32.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4821 0 0 701 5522
Biso mean---32.63 -
残基数----639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0194907
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.071.9646678
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.237898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0355633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.56723.318211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3315761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1141539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.2757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0215554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02993
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 280 -
Rwork0.203 5059 -
all-5339 -
obs--99.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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