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Yorodumi- PDB-3dci: The Structure of a putative arylesterase from Agrobacterium tumef... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3dci | ||||||
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Title | The Structure of a putative arylesterase from Agrobacterium tumefaciens str. C58 | ||||||
Components | Arylesterase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Agrobacterium tumefaciens / arylesterase / SGNH_hydrolase subfamily / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Agrobacterium tumefaciens str. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Cuff, M.E. / Xu, X. / Zheng, H. / Binkowski, T.A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: The Structure of a putative arylesterase from Agrobacterium tumefaciens str. C58 Authors: Cuff, M.E. / Xu, X. / Zheng, H. / Binkowski, T.A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3dci.cif.gz | 137.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3dci.ent.gz | 111.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3dci.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/3dci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/3dci | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | authors state that the biological assembly is unknown but may be a hexamer. The contents of the AU: x,y,z, plus that of the neighboring AU: -x+1,y,-z+1/2. |
-Components
#1: Protein | Mass: 24833.402 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Agrobacterium tumefaciens str. (bacteria) Strain: C58 / Gene: AGR_L_2749, Atu3454 / Plasmid: modified p11 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: A9CF87 #2: Chemical | ChemComp-ZN / | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 36.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.1M sodium acetate pH 4.6, 3.2M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97921, 0.97941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: CUSTOM-MADE / Detector: CCD / Date: Nov 21, 2006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 7.4 % / Av σ(I) over netI: 6.5 / Number: 305360 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.08 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 41107 / % possible obs: 99.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 41107 / Num. obs: 41107 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Num. unique all: 2712 / Χ2: 0.737 / % possible all: 99.6 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.195 / FOM acentric: 0.213 / FOM centric: 0 / Reflection: 39487 / Reflection acentric: 36218 / Reflection centric: 3269 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis acentric: 2.04 / R cullis centric: 1 / Highest resolution: 2 Å / Lowest resolution: 50 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 36218 / Reflection centric: 3269 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 41022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2→34.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 6.082 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.139 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.009 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→34.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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