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万見
- PDB-4twy: Structure of SARS-3CL protease complex with a phenylbenzoyl (S,R)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4twy
タイトルStructure of SARS-3CL protease complex with a phenylbenzoyl (S,R)-N-decalin type inhibitor
要素3C-like proteinase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrase proteinase converting / designed inhibitor / hydrase-inhibitor complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral transcription ...Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / K48-linked deubiquitinase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral transcription / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 5'-3' DNA helicase activity / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain ...Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / : / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Trypsin-like serine proteases / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3BL / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Human SARS coronavirus (SARSコロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Akaji, K. / Teruya, K. / Shimamoto, Y. / Sanjho, A. / Yamashita, E. / Nakagawa, A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Fused-ring structure of decahydroisoquinolin as a novel scaffold for SARS 3CL protease inhibitors
著者: Shimamoto, Y. / Hattori, Y. / Kobayashi, K. / Teruya, K. / Sanjoh, A. / Nakagawa, A. / Yamashita, E. / Akaji, K.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3032
ポリマ－33,8331
非ポリマー4711
水3,009167
1
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子

A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6064
ポリマ－67,6652
非ポリマー9412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area26330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.834, 82.128, 53.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.980, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-537-

HOH

詳細1

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要素

#1: タンパク質 3C-like proteinase / 3CL protease / 3CL-PRO / 3CLp


分子量: 33832.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Akaji K, Konno H, Mitsui H, Teruya K , Shimamoto Y, Hattori Y, Ozaki T, Kusunoki M, Sanjoh A.Structure-Based Design, Synthesis, and Evaluation of Peptide-mimetic SARS 3CL Protease Inhibitors. ...詳細: Akaji K, Konno H, Mitsui H, Teruya K , Shimamoto Y, Hattori Y, Ozaki T, Kusunoki M, Sanjoh A.Structure-Based Design, Synthesis, and Evaluation of Peptide-mimetic SARS 3CL Protease Inhibitors.Journal of Medicinal Chemistry 54, 7962-7973, 2011.
由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (SARSコロナウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMAL-3CL-R188I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C6X7, 3C様プロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-3BL / (2S)-2-({[(3S,4aR,8aS)-2-(biphenyl-4-ylcarbonyl)decahydroisoquinolin-3-yl]methyl}amino)-3-(1H-imidazol-5-yl)propanal


分子量: 470.606 Da / 分子数: 1 / Fragment: aza-decaline type inhibitor / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H34N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED TO GENBANK WITH ACCESSION ID NP_828863, WHICH IS NOT AVAILABLE FROM ...THE SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED TO GENBANK WITH ACCESSION ID NP_828863, WHICH IS NOT AVAILABLE FROM UNIPROT AT PRESENT. RESIDUE 188 IS ARG ACCORDING TO THE DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10%(w/v) of PEG20000, 100mM MES, 5mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月17日 / 詳細: horizontal focusing mirror
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 57490 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.32 / Net I/av σ(I): 21.878 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 239434
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
1.6-1.633.628321.00196.4
1.63-1.663.828761.0196.50.841
1.66-1.693.928781.03597.90.663
1.69-1.72428721.04896.70.616
1.72-1.764.128471.04998.20.529
1.76-1.84.228961.03898.20.464
1.8-1.854.329011.09197.50.392
1.85-1.94.329101.08298.20.327
1.9-1.954.329091.12498.70.252
1.95-2.024.328881.17498.50.196
2.02-2.094.329361.14198.40.158
2.09-2.174.329181.16198.70.117
2.17-2.274.329231.20398.80.103
2.27-2.394.329281.26799.10.088
2.39-2.544.329451.35298.70.078
2.54-2.744.329281.54599.50.071
2.74-3.014.329461.76399.30.065
3.01-3.454.329761.96699.30.058
3.45-4.344.127832.18993.30.057
4.34-503.823982.2978.80.058

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータ削減
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MOLREPモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ATW

3atw


解像度: 1.6→25.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3187 2653 5 %RANDOM
Rwork0.2901 49902 --
obs0.2916 52555 88.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.63 Å2 / Biso mean: 40.804 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å2-0 Å2-0.06 Å2
2--1.1 Å2-0 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→25.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2367 0 35 167 2569
Biso mean--20 30 -
残基数----306
LS精密化 シェル解像度: 1.598→1.64 Å /
反射数%反射
Rfree135 -
Rwork2855 -
obs-68.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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