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- PDB-4two: Human EphA3 Kinase domain in complex with compound 164 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4two
タイトルHuman EphA3 Kinase domain in complex with compound 164
要素Ephrin type-A receptor 3
キーワードTRANSFERASE / TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


fasciculation of sensory neuron axon / fasciculation of motor neuron axon / ephrin receptor activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of endocytosis / EPH-Ephrin signaling / regulation of GTPase activity / regulation of focal adhesion assembly / EPHA-mediated growth cone collapse / EPH-ephrin mediated repulsion of cells ...fasciculation of sensory neuron axon / fasciculation of motor neuron axon / ephrin receptor activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of endocytosis / EPH-Ephrin signaling / regulation of GTPase activity / regulation of focal adhesion assembly / EPHA-mediated growth cone collapse / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / cellular response to retinoic acid / regulation of microtubule cytoskeleton organization / axon guidance / positive regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of neuron projection development / cell migration / actin cytoskeleton / nuclear membrane / early endosome / cell adhesion / dendrite / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ephrin type-A receptor 3, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain ...Ephrin type-A receptor 3, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 2. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-37W / Ephrin type-A receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.047 Å
データ登録者Dong, J. / Caflisch, A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of the Binding of Type I, I1/2, and II Inhibitors to Eph Tyrosine Kinases.
著者: Dong, J. / Zhao, H. / Zhou, T. / Spiliotopoulos, D. / Rajendran, C. / Li, X.D. / Huang, D. / Caflisch, A.
履歴
登録2014年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ephrin type-A receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8332
ポリマ－40,4581
非ポリマー3741
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.221, 38.068, 75.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Ephrin type-A receptor 3 / EPH-like kinase 4 / hEK4 / HEK / Human embryo kinase / Tyrosine-protein kinase TYRO4 / Tyrosine- ...EPH-like kinase 4 / hEK4 / HEK / Human embryo kinase / Tyrosine-protein kinase TYRO4 / Tyrosine-protein kinase receptor ETK1 / Eph-like tyrosine kinase 1


分子量: 40458.180 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain (UNP residues 609-947) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA3, ETK, ETK1, HEK, TYRO4 / プラスミド: p28-LIC-Thrombin / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29320, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-37W / 5-{[3-carbamoyl-4-(3,4-dimethylphenyl)-5-methylthiophen-2-yl]amino}-5-oxopentanoic acid


分子量: 374.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N2O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.15M ammonium sulfate, 22.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→38.07 Å / Num. all: 18078 / Num. obs: 18078 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.7 % / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.043 / Rsym value: 0.035 / Net I/av σ(I): 20.017 / Net I/σ(I): 23 / Num. measured all: 49627
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.05-2.162.70.1378.1673224620.0990.1378.190.9
2.16-2.292.80.1117.1687224720.080.1119.794.8
2.29-2.452.80.0879646623230.0630.08712.695.4
2.45-2.642.80.0711.2610521850.0510.0714.895.9
2.64-2.892.80.04915.9563820310.0360.04919.696.3
2.89-3.242.80.03223.6507918370.0240.03227.597
3.24-3.742.70.02231.5446516380.0160.0223997.4
3.74-4.582.70.01835.8375614020.0130.01848.597.4
4.58-6.472.70.01739.7295711150.0130.01749.198.4
6.47-38.0682.50.01638.915576130.0130.01655.194.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.05 Å30.77 Å
Translation2.05 Å30.77 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
XDSVERSION January 10, 2014 BUILT=20140115データ削減
Coot0.8-pre-4968モデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER2.5.6位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QOB

2qob


解像度: 2.047→30.773 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2006 906 5.02 %
Rwork0.1627 --
obs0.1646 18062 94.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.047→30.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2185 0 26 186 2397
Biso mean--26.28 29.49 -
残基数----278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9893070
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.472846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0472-2.17540.23741310.18492715X-RAY DIFFRACTION91
2.1754-2.34330.23151450.16712828X-RAY DIFFRACTION95
2.3433-2.5790.21131510.17212824X-RAY DIFFRACTION95
2.579-2.95190.22661550.17572886X-RAY DIFFRACTION96
2.9519-3.71810.18111650.15732896X-RAY DIFFRACTION97
3.7181-30.77610.18441590.15083007X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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