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- PDB-4twm: Crystal structure of dioscorin from Dioscorea japonica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4twm
タイトルCrystal structure of dioscorin from Dioscorea japonica
要素Dioscorin 5
キーワードPLANT PROTEIN / storage protein / carbonic anhydrase activity / dehydroascorbate reductase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


response to oxygen radical / monodehydroascorbate reductase (NADH) / monodehydroascorbate reductase (NADH) activity / cellular response to carbon dioxide / carbon utilization / nutrient reservoir activity / negative regulation of endopeptidase activity / L-ascorbic acid binding / cellular oxidant detoxification / antioxidant activity ...response to oxygen radical / monodehydroascorbate reductase (NADH) / monodehydroascorbate reductase (NADH) activity / cellular response to carbon dioxide / carbon utilization / nutrient reservoir activity / negative regulation of endopeptidase activity / L-ascorbic acid binding / cellular oxidant detoxification / antioxidant activity / positive regulation of phagocytosis / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / one-carbon metabolic process / positive regulation of gene expression / protein homodimerization activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, prokaryotic-like / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dioscorea japonica (ジネンジョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Xue, Y.L. / Miyakawa, T. / Nakamura, A. / Tanokura, M.
資金援助 日本, 中国, 4件
組織認可番号国
High Energy Accelerator Research Organization2011G605 日本
Targeted Proteins Research Program (TPRP) of the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology 日本
National Natural Science Foundation of China31201285 中国
Scientific Research Foundation for the Returned Overseas Chinese Scholars2013693 中国
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2015
タイトル: Yam Tuber Storage Protein Reduces Plant Oxidants Using the Coupled Reactions as Carbonic Anhydrase and Dehydroascorbate Reductase
著者: Xue, Y.L. / Miyakawa, T. / Nakamura, A. / Hatano, K. / Sawano, Y. / Tanokura, M.
履歴
登録2014年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dioscorin 5
B: Dioscorin 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6274
ポリマ－56,4352
非ポリマー1922
水2,162120
1
A: Dioscorin 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4103
ポリマ－28,2181
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dioscorin 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2181
ポリマ－28,2181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.470, 156.770, 83.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Dioscorin 5


分子量: 28217.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dioscorea japonica (ジネンジョウ)
遺伝子: dio5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7MAQ2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10 / 詳細: CAPS, lithium sulfate, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→20 Å / Num. obs: 31706 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 39.3

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.11→19.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 6.094 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27162 1602 5.1 %RANDOM
Rwork0.20927 ---
obs0.21236 30101 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.485 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.11→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3849 0 10 120 3979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193947
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8381.9435340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3995473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.40524.17223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.38615670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7081536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.164 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 79 -
Rwork0.272 1980 -
obs--94.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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