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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tva
タイトルUniversal Pathway for Post-Transfer Editing Reactions: Insight from Crystal structure of TthPheRS with Puromycine
要素
  • Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
  • Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
キーワードLIGASE/ANTIBIOTIC / puromycine / editing / tRNA / PheRS / LIGASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain ...Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/4 domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / 3-Layer(bba) Sandwich / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / PUROMYCIN / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.597 Å
データ登録者Safro, M. / Klipcan, L. / Tworowski, D. / Peretz, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Universal pathway for posttransfer editing reactions: Insights from the crystal structure of TtPheRS with puromycin.
著者: Tworowski, D. / Klipcan, L. / Peretz, M. / Moor, N. / Safro, M.G.
履歴
登録2014年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32015年10月7日Group: Experimental preparation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,6674
ポリマ－126,0302
非ポリマー6372
水3,153175
1
A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
ヘテロ分子

A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,3338
ポリマ－252,0604
非ポリマー1,2734
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area28580 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area79870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.475, 173.475, 138.492
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

HOH

21B-902-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit / PheRS


分子量: 39309.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P27001, phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit / PheRS


分子量: 86720.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: P27002, UniProt: Q5SGX1*PLUS, phenylalanine-tRNA ligase
#3: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#4: 化合物 ChemComp-PUY / PUROMYCIN / ピュ-ロマイシン


タイプ: RNA linking / 分子量: 471.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N7O5 / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE 28% OF SATURATION, 20 MM IMIDAZOLE, PH 7.7, 10 MM MGCL2, 1 MM NAN3
PH範囲: 7.5-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→27.06 Å / Num. obs: 74123 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 15.6

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1PYS

1pys


解像度: 2.597→27.058 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2583 1935 2.71 %Random
Rwork0.2492 ---
obs0.2494 71443 96.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.597→27.058 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8250 0 46 175 8471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45611579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.553191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1011241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011545
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5974-2.66230.41651340.37614961X-RAY DIFFRACTION97
2.6623-2.73420.41551420.35614934X-RAY DIFFRACTION97
2.7342-2.81460.29661380.3724949X-RAY DIFFRACTION96
2.8146-2.90540.32831330.36814893X-RAY DIFFRACTION96
2.9054-3.00910.36161350.35724878X-RAY DIFFRACTION95
3.0091-3.12940.35431340.34084848X-RAY DIFFRACTION95
3.1294-3.27160.3241350.30654929X-RAY DIFFRACTION96
3.2716-3.44370.32581390.27754941X-RAY DIFFRACTION97
3.4437-3.6590.26691410.27054988X-RAY DIFFRACTION97
3.659-3.94070.2351320.2464884X-RAY DIFFRACTION95
3.9407-4.33590.26541390.21784898X-RAY DIFFRACTION95
4.3359-4.95990.20511380.18755009X-RAY DIFFRACTION97
4.9599-6.23630.19331450.20385091X-RAY DIFFRACTION98
6.2363-27.05940.19891500.19335305X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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