PDB-4tuh: Bcl-xL in complex with inhibitor (Compound 10)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tuh

タイトル

Bcl-xL in complex with inhibitor (Compound 10)

要素

Bcl-2-like protein 1

キーワード

APOPTOSIS / Drug Design

機能・相同性

機能・相同性情報

apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / Bcl-2 family protein complex / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / apoptotic mitochondrial changes / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / germ cell development / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / endocytosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / male gonad development / RAS processing / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / spermatogenesis / nuclear membrane / defense response to virus / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Czabotar, P.E. / Lessense, G. / Smith, B.J. / Colman, P.M.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Structure-Guided Rescaffolding of Selective Antagonists of BCL-XL.
著者: Koehler, M.F. / Bergeron, P. / Choo, E.F. / Lau, K. / Ndubaku, C. / Dudley, D. / Gibbons, P. / Sleebs, B.E. / Rye, C.S. / Nikolakopoulos, G. / Bui, C. / Kulasegaram, S. / Kersten, W.J. / ...

履歴

登録	2014年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tuh.cif.gz	504 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tuh.ent.gz	421.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tuh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/4tuh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/4tuh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2jj6-d 2v8f-d 6uvd-d 6uvg-2 5bzx-2 6dco-d 6uvg-3 4qgx-3 6uvg-5 5c3g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Bcl-2-like protein 1

B: Bcl-2-like protein 1

C: Bcl-2-like protein 1

D: Bcl-2-like protein 1

E: Bcl-2-like protein 1

F: Bcl-2-like protein 1

G: Bcl-2-like protein 1

H: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

150 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Bcl-2-like protein 1

B: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Bcl-2-like protein 1

D: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Bcl-2-like protein 1

F: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Bcl-2-like protein 1

H: Bcl-2-like protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.834, 109.661, 102.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X 分子量: 17917.959 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1-26, 83-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: 化合物	ChemComp-38H / 2-[8-(1,3-benzothiazol-2-ylcarbamoyl)-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl]-5-{3-[4-(1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl)phenoxy]propyl}-1,3-thiazole-4-carboxylic acid 分子量: 688.778 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₂₈N₈O₄S₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 856 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Mg Acetate, 4% DMSO, 20% PEG3350, 0.1 M Hepes, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95364 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95364 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 119276 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.844 / % possible all: 96.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)	精密化
Blu-Ice		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→31.37 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	5992	5.03 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.174	119224	98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→31.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9221	0	468	856	10545
B_iso mean	-	-	39.72	45.99	-
残基数	-	-	-	-	1140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.155	13558
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.548	3511
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1342
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1733

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8209	0.3149	187	0.2784	3457	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8209-1.8423	0.3184	190	0.2743	3694	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8423-1.8648	0.3062	190	0.2588	3730	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8648-1.8884	0.3067	186	0.2495	3670	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8884-1.9133	0.2569	196	0.248	3719	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9133-1.9395	0.2709	211	0.2267	3663	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9395-1.9672	0.2811	210	0.2272	3713	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9672-1.9965	0.2786	211	0.2169	3739	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9965-2.0277	0.2389	204	0.2176	3682	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0277-2.0609	0.2494	203	0.208	3749	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0609-2.0965	0.2418	196	0.2036	3736	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0965-2.1346	0.2346	197	0.1903	3813	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1346-2.1756	0.2258	197	0.1821	3746	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1756-2.22	0.2087	199	0.1814	3803	X-RAY DIFFRACTION	98
2.22-2.2683	0.2017	213	0.1706	3735	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2683-2.321	0.1958	196	0.1674	3801	X-RAY DIFFRACTION	99
2.321-2.3791	0.2108	212	0.1698	3808	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3791-2.4434	0.2323	212	0.1706	3768	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4434-2.5152	0.2175	164	0.1748	3849	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5152-2.5964	0.2098	215	0.1803	3860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5964-2.6891	0.2176	214	0.1785	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6891-2.7967	0.2223	214	0.1762	3830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7967-2.9239	0.2255	185	0.1691	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9239-3.078	0.2061	199	0.1682	3847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.078-3.2706	0.2016	191	0.1662	3875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2706-3.5228	0.2076	218	0.1647	3879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5228-3.8768	0.1757	212	0.142	3829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8768-4.4364	0.1821	204	0.1411	3863	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4364-5.5843	0.1707	196	0.1485	3879	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5843-31.3699	0.1743	170	0.1678	3805	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8653	0.362	1.8665	2.6752	-0.0424	3.2157	-0.2145	-0.1662	0.4454	0.2289	-0.02	0.2215	-0.2318	-0.558	0.2232	0.4119	0.0761	-0.0564	0.2896	-0.0491	0.2883	-11.9093	-10.7182	39.8905
2	0.9371	-1.1032	-0.5899	6.4939	2.9327	3.4155	0.1068	-0.2457	-0.1497	0.4095	0.0213	-0.4689	0.3273	0.0415	-0.1388	0.2841	-0.0037	-0.0835	0.1954	0.0524	0.2294	-4.3037	7.9837	45.8095
3	6.028	1.8101	-1.3402	3.547	-0.0759	4.9554	-0.0008	-0.3437	0.344	0.3634	-0.0908	0.3144	-0.5868	-0.4754	0.0636	0.2579	0.0585	0.0088	0.2172	-0.0502	0.1736	-20.6705	22.1325	46.4049
4	3.3933	0.6353	-0.4084	2.4522	-0.5881	3.0079	0.0024	-0.276	-0.0792	0.266	-0.0432	-0.0469	0.0332	-0.0619	0.0385	0.1631	0.01	-0.0139	0.0974	-0.0028	0.0974	-12.4774	14.5574	41.153
5	2.342	0.523	-0.9584	4.0537	-2.7744	3.8138	-0.1456	-0.2354	-0.3858	0.1566	0.015	-0.0869	0.2309	-0.2216	0.1181	0.1944	-0.025	-0.0186	0.1603	0.0441	0.2005	-14.9257	4.6352	40.4625
6	4.3058	-0.7989	0.8118	5.2196	-1.1006	3.2896	-0.0245	-0.0704	-0.0808	0.163	0.0536	0.2871	-0.0324	-0.1111	-0.0244	0.2666	0.0109	-0.052	0.1439	0.0154	0.1988	-6.5841	-20.7512	42.0928
7	1.9384	1.7977	1.3552	8.4049	1.0515	7.5714	0.2866	-0.2911	-0.2185	0.517	-0.1537	-0.5542	-0.2302	0.4785	-0.0894	0.1903	0.0021	-0.0079	0.2671	0.0682	0.2316	-15.7539	40.2437	2.2264
8	5.0001	-5.1007	0.7321	5.495	-1.9224	5.0462	0.1673	-0.0917	-0.1665	-0.6126	0.1995	0.6254	-0.1093	-0.0337	-0.3817	0.386	-0.1056	-0.0202	0.359	0.002	0.3626	-31.0188	47.994	4.9618
9	4.2713	4.5995	1.3892	5.4838	1.2187	5.8752	-0.0441	0.2708	0.8049	-0.83	0.2007	0.9684	-0.7014	-0.5048	-0.1752	0.5186	0.061	-0.0545	0.5054	0.0604	0.8078	-39.3297	63.0498	5.9195
10	7.5488	4.3288	-2.042	2.98	-2.7069	6.0979	0.111	-0.5089	1.2259	0.6893	-0.0322	0.8001	-1.037	-0.6544	0.0031	0.6475	0.1669	-0.0152	0.502	-0.1924	0.6979	-29.3017	67.9848	16.061
11	6.894	-0.2152	-0.8382	6.5438	-0.7385	5.7853	0.1309	-0.4938	0.982	-0.1943	0.2256	0.6137	-0.5387	-0.4819	-0.4117	0.3305	0.0211	0.0313	0.3436	-0.0822	0.3756	-32.766	58.664	10.9085
12	5.5113	1.1891	-0.4699	9.5548	-4.417	6.494	-0.1122	-0.3475	1.0676	0.0016	0.225	-0.7038	-0.5768	-0.0329	-0.1162	0.4331	0.0034	0.0629	0.3874	-0.2473	0.6589	-22.7203	62.5446	13.5529
13	4.0578	2.3311	4.7123	3.1143	2.9427	7.005	-0.1687	-1.6005	-0.5367	1.3327	0.4406	0.3068	0.5197	-0.5005	-0.3322	0.6499	0.0764	0.1787	0.699	0.0388	0.416	-33.9563	47.5442	22.6755
14	3.5172	-3.3212	2.7317	3.2333	-2.4313	2.3709	-0.0028	-0.898	-0.9206	0.0003	0.3742	1.1604	0.8833	-0.4547	-0.3958	0.4111	-0.0818	0.0296	0.4526	0.1171	0.4452	-34.1461	42.1828	12.7362
15	7.3506	2.1995	6.7056	1.7243	1.1852	6.7499	0.2776	-0.7738	1.161	-1.4002	-0.9431	-0.2498	1.9418	-0.0011	0.646	1.1835	-0.2038	0.0172	1.0449	0.2159	1.2164	-34.1375	38.8789	1.5301
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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