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- PDB-4ttk: Racemic structure of Sunflower Trypsin Inhibitor-1 (SFTI-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ttk
タイトルRacemic structure of Sunflower Trypsin Inhibitor-1 (SFTI-1)
要素Sunflower Trypsin Inhibitor-1 (SFTI-1) (D-form)
キーワードHydrolase Inhibitor / cyclic peptide / disulfide bond
機能・相同性polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)
機能・相同性情報
生物種Helianthus annuus (ヒグルマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2502 Å
データ登録者Wang, C.K. / King, G.J. / Craik, D.J.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)LP110200213 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)546578 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1026501 オーストラリア
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Racemic and Quasi-Racemic X-ray Structures of Cyclic Disulfide-Rich Peptide Drug Scaffolds.
著者: Wang, C.K. / King, G.J. / Northfield, S.E. / Ojeda, P.G. / Craik, D.J.
履歴
登録2014年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sunflower Trypsin Inhibitor-1 (SFTI-1) (D-form)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5351
ポリマ－1,5351
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area1480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.640, 42.640, 12.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number147
Space group name H-MP-3
詳細Crystal obtained from racemic mixture of D- and L- enantiomers of SFTI-1. The D-form is represented in the asymmetric unit.

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要素

#1: Polypeptide(D) Sunflower Trypsin Inhibitor-1 (SFTI-1) (D-form)


分子量: 1534.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) Helianthus annuus (ヒグルマ)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.0 M ammonium sulfate, 3% w/v polyethylene glycol 8,000, 0.14 M sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→21.46 Å / Num. obs: 7289 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 46.92 Å2 / Net I/σ(I): 45.3
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
CrystalClearデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 1.2502→13.957 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2763 754 10.35 %
Rwork0.2623 --
obs0.2637 7286 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2502→13.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数105 0 104 7 216
Biso mean--8.87 14.19 -
残基数----1
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.253146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.83443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01119
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2502-1.34660.26731550.26341308X-RAY DIFFRACTION100
1.3466-1.4820.30751500.25041307X-RAY DIFFRACTION100
1.482-1.69610.27111570.25691289X-RAY DIFFRACTION100
1.6961-2.13570.26361510.24081335X-RAY DIFFRACTION100
2.1357-13.95810.27961410.27931293X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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