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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tsr | ||||||
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タイトル | The Complex Structure of Mutant Phytase with IHS | ||||||
![]() | Periplasmic AppA protein | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / Phytase / Synchrotron radiation / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-phytase activity / inositol phosphate phosphatase activity / cellular response to anoxia / nucleotidase activity / sugar-phosphatase activity / acid phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / cellular response to phosphate starvation / lysosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 ...4-phytase activity / inositol phosphate phosphatase activity / cellular response to anoxia / nucleotidase activity / sugar-phosphatase activity / acid phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / cellular response to phosphate starvation / lysosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / dephosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space / lysosome / GTPase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, T.H. / Chen, C.C. / Huang, C.H. / Guo, R.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Complex Structure of mutant Phytase with IHS 著者: Wu, T.H. / Chen, C.C. / Huang, C.H. / Guo, R.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 955.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 962.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1dkqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44747.680 Da / 分子数: 1 / 変異: V89T and S206A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NI / #3: 化合物 | ChemComp-IHS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.71 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.01 M NiCl2, 0.1 M HEPES, 20% PEG 3350 and 2% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97622 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.07→25 Å / Num. obs: 23694 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 10.9 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0071 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DKQ 解像度: 2.07→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 9.64 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.096 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.07→25 Å
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拘束条件 |
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