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万見
- PDB-4tsp: Crystal structure of FraC with DHPC bound (crystal form II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tsp
タイトルCrystal structure of FraC with DHPC bound (crystal form II)
要素Fragaceatoxin C
キーワードTOXIN / actinoporin pore-forming toxin / Membrane / lipids Phosphocholine / Lipid-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


nematocyst / pore complex assembly / cytolysis in another organism / other organism cell membrane / pore complex / monoatomic cation transport / channel activity / toxin activity / lipid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Sea anemone actinoporin-like / : / Sea anemone cytotoxic protein / Cytolysin/lectin / Cytolysin/lectin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / PHOSPHOCHOLINE / PHOSPHATE ION / DELTA-actitoxin-Afr1a
類似検索 - 構成要素
生物種Actinia fragacea (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Tanaka, K. / Tsumoto, K.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for self-assembly of a cytolytic pore lined by protein and lipid
著者: Tanaka, K. / Caaveiro, J.M.M. / Morante, K. / Gonzalez-Manas, J.M. / Tsumoto, K.
#1: ジャーナル: Toxicon / 年: 2009
タイトル: Purification, cloning and characterization of fragaceatoxin C, a novel actinoporin from the sea anemone Actinia fragacea
著者: Bellomio, A. / Morante, K. / Barlic, A. / Gutierrez-Aguirre, I. / Viguera, A.R. / Gonzalez-Manas, J.M.
履歴
登録2014年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fragaceatoxin C
B: Fragaceatoxin C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,44817
ポリマ－39,4932
非ポリマー2,95515
水2,090116
1
A: Fragaceatoxin C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9416
ポリマ－19,7461
非ポリマー1,1955
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fragaceatoxin C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,50611
ポリマ－19,7461
非ポリマー1,76010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.550, 129.550, 49.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-207-

PO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fragaceatoxin C / fraC


分子量: 19746.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinia fragacea (イソギンチャク)
プラスミド: pGEM-T / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B9W5G6

-
非ポリマー , 5種, 131分子

#2: 化合物
ChemComp-HXG / 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (4R,7R)-7-(hexanoyloxy)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-10-oxo-3,5,9-trioxa-4-phosphapentadecan-1-aminium 4-oxide / O-(1-O,2-O-ジヘキサノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 454.515 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H41NO8P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-PC / PHOSPHOCHOLINE / [りん酸水素2-(トリメチルアミニオ)エチル]アニオン


分子量: 184.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H15NO4P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 50 mM DHPC, 200 mM Li2SO4, 20% PEG 1000, 100 mM phosphate-citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→35.93 Å / Num. obs: 22701 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 79.7

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VWI

3vwi


解像度: 2.15→35.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 12.347 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24744 1167 5.1 %RANDOM
Rwork0.20008 ---
obs0.20238 21505 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.266 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å20 Å20 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3---3.15 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→35.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2768 0 181 116 3065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.023028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0212862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.981.984101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2643.0196541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8645358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.46422.632133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.24715459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3861522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 101 -
Rwork0.264 1595 -
obs--99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5177-1.4085-0.34921.50020.20651.6398-0.11-0.2076-0.14440.09190.0669-0.04420.08910.02680.0430.2044-0.00320.01060.16790.01430.0118-46.2057-11.47049.1487
22.70560.1803-0.27016.8581-1.86322.24470.02770.18350.2657-0.1882-0.1244-0.216-0.19760.14640.09670.1970.0192-0.00040.25080.02010.0364-22.7561-1.8795-10.943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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