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万見
- PDB-4tsh: A Novel Protein Fold Forms an Intramolecular Lock to Stabilize th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tsh
タイトルA Novel Protein Fold Forms an Intramolecular Lock to Stabilize the Tertiary Structure of Streptococcus mutans Adhesin P1
要素(Surface protein adhesin) x 2
キーワードCELL ADHESION / Adhesin / Streptococcus / Intramolecular Lock / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain ...Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Cell surface antigen C-terminus / Cell surface antigen I/II C2 terminal domain / Immunoglobulin-like - #740 / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface protein adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Heim, K.P. / Kailasan, S. / McKenna, R. / Brady, L.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)R01DE21789 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)R01DE08007 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)T90 DE021990-03 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: An intramolecular lock facilitates folding and stabilizes the tertiary structure of Streptococcus mutans adhesin P1.
著者: Heim, K.P. / Crowley, P.J. / Long, J.R. / Kailasan, S. / McKenna, R. / Brady, L.J.
履歴
登録2014年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22014年11月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface protein adhesin
B: Surface protein adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1306
ポリマ－69,0012
非ポリマー1294
水9,674537
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area27890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.521, 68.887, 81.278
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.820, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1672-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Surface protein adhesin


分子量: 12813.826 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 52-172 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: NG8 / 遺伝子: spaP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9E3B4
#2: タンパク質 Surface protein adhesin


分子量: 56187.180 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 980-1486 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: NG8 / 遺伝子: spaP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9E3B4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystals were routinely grown at room temperature using the hanging drop vapor diffusion method by mixing 4uL of concentrated NA1/P3C with a mother liquor solution of 24% polyethylene glycol ...詳細: Crystals were routinely grown at room temperature using the hanging drop vapor diffusion method by mixing 4uL of concentrated NA1/P3C with a mother liquor solution of 24% polyethylene glycol (PEG) 4000, 150mM ammonium phosphate, at pH 7.5. Crystals formed as large plate clusters within approximately 2 weeks. Following initial crystal growth, 8uL of a solution containing 45% PEG 4000, 100mM ammonium phosphate, at pH 7.5 was added to the crystal drop to facilitate the removal of water from the crystal and improve diffraction quality by producing a more compact and ordered crystal lattice
PH範囲: 7.5 / Temp details: Room Temp

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.85 Å / Num. obs: 73061 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QE5

3qe5


解像度: 2→35.847 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 1999 2.74 %Random selection
Rwork0.1696 71020 --
obs0.1706 73019 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 280.67 Å2 / Biso mean: 49.0905 Å2 / Biso min: 17.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→35.847 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4692 0 4 545 5241
Biso mean--29.51 49.84 -
残基数----606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0224796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2386494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4281757
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.0520.29581390.24944932507197
2.052-2.10740.25141410.227450095150100
2.1074-2.16940.2391420.200250495191100
2.1694-2.23940.23081420.19550575199100
2.2394-2.31950.22721430.182850895232100
2.3195-2.41230.2431420.177150435185100
2.4123-2.52210.20871430.175350575200100
2.5221-2.6550.20641420.165850745216100
2.655-2.82130.20981420.166650615203100
2.8213-3.0390.1871450.162151255270100
3.039-3.34470.21741430.156850565199100
3.3447-3.82820.17181440.150751285272100
3.8282-4.82120.16911450.143751325277100
4.8212-35.85230.23421460.185152085354100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.49243.07331.25425.7293-1.61482.191-0.0935-0.24920.35430.33690.0148-0.32-0.65230.0956-0.20550.28520.0269-0.02210.1999-0.05620.2908-42.374936.23115.5405
24.5624.9555-5.195.7162-5.48756.18540.5283-0.58580.32260.5325-0.31110.2337-0.55710.4729-0.22540.3694-0.02230.00660.4406-0.01560.2489-62.259920.696941.1686
30.03270.06530.36810.22621.14576.6529-0.48750.97490.1187-0.51510.58520.44620.2487-1.4197-0.11730.4251-0.1961-0.10260.66350.10650.3454-90.4647-3.090862.7459
43.44871.4637-4.56171.4717-2.10336.0546-0.04120.0602-0.2748-0.131-0.3431-0.015-0.22390.48770.39080.34190.0321-0.02790.40960.12070.3602-71.95454.851754.3458
56.89714.1013-5.93595.6992-5.94217.0251-0.3863-0.0622-0.6371-0.2328-0.00310.16190.8254-0.23060.44070.5529-0.21610.01220.3479-0.02840.4354-87.7349-11.800563.522
63.69072.5476-5.10771.6608-3.46857.0917-0.1564-0.1585-0.3014-0.0021-0.0902-0.12880.20050.03020.29770.2877-0.01980.00150.260.06770.2573-67.98228.205340.7122
73.69651.4997-2.33870.8447-1.04722.25220.0786-0.11390.09570.0970.0390.0745-0.0161-0.1449-0.12720.26530.0189-0.03080.2341-0.00120.2211-55.042123.863422.4572
81.8380.8806-0.94091.5863-0.96112.117-0.13610.3102-0.0922-0.24310.18820.09770.303-0.1898-0.06420.2545-0.0314-0.03420.1903-0.0560.2443-41.113326.5656-1.0964
96.69164.1365-4.1743.2915-2.54783.983-0.02290.32220.2033-0.08360.20240.11190.0467-0.0397-0.21530.19990.0161-0.06340.1746-0.02690.1964-31.92136.1838-2.8089
102.87090.5515-1.59991.5624-1.50344.18320.14710.81380.3271-0.0687-0.243-0.2405-0.36390.7063-0.12530.2678-0.09950.00780.8030.0710.3224-8.698347.4789-17.9327
110.56380.0838-0.89950.9382-0.37451.95740.13360.73670.01-0.0663-0.2729-0.2158-0.05981.01440.21770.29610.004-0.00250.99010.0120.3988-0.576540.8163-16.0585
122.14250.5424-0.97481.729-0.43381.07680.41931.01430.684-0.2957-0.2579-0.3584-0.33731.08590.43290.3451-0.17140.13731.17210.16250.4495-5.749152.1642-26.045
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 52 through 66 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 94 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 95 through 112 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 113 through 124 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 125 through 172 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 980 through 1033 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1034 through 1188 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1189 through 1289 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1290 through 1323 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1324 through 1399 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1400 through 1456 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1457 through 1486 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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