PDB-4trz: Structure of BACE1 complex with 2-thiophenyl HEA-type inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4trz

タイトル

Structure of BACE1 complex with 2-thiophenyl HEA-type inhibitor

要素

2-thiophenyl HEA-type inhibitor
Beta-secretase 1

キーワード

Hydrolase/Hydrolase inhibitor / hydrase proteinase converting / designed inhibitor / hydrase-inhibitor complex / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.25 Å

Model details

syn-HEA, aki092

データ登録者

Akaji, K. / Teruya, K. / Akiyama, T. / Sanjho, A. / Yamashita, E. / Nakagawa, A.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Evaluation of transition-state mimics in a superior BACE1 cleavage sequence as peptide-mimetic BACE1 inhibitors
著者: Hattori, Y. / Kobayashi, K. / Deguchi, A. / Nohara, Y. / Akiyama, T. / Teruya, K. / Sanjoh, A. / Nakagawa, A. / Yamashita, E. / Akaji, K.

履歴

登録	2014年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月2日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.3	2020年1月29日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4trz.cif.gz	240.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4trz.ent.gz	193.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4trz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/4trz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/4trz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4trwC 2qp8S 4try C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fse-3 4fsl-3 3l5c-1 3skf-2 4trw-1 4try-2 5t1u-d 5hu0-2 2vkm-3 2xfj-d 3r2f-2 3l5f-1 2wf0-d 2qmd-1 3ohf-3 4zsq-1 4fsl-1 2vkm-4 5hu0-1 6fgy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

D: 2-thiophenyl HEA-type inhibitor

E: 2-thiophenyl HEA-type inhibitor

F: 2-thiophenyl HEA-type inhibitor

132 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Beta-secretase 1

D: 2-thiophenyl HEA-type inhibitor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

E: 2-thiophenyl HEA-type inhibitor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

F: 2-thiophenyl HEA-type inhibitor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.872, 102.420, 101.587
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 43281.832 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 60-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: タンパク質・ペプチド	2-thiophenyl HEA-type inhibitor タイプ: Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 681.863 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: designed and chemically synthesized / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: 2-thiophenyl HEA-type inhibitor
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100mM Sodium citrate, 200mM Ammonium sulfate, 23%(v/v) PEG 10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月4日 / 詳細: horizontal focusing mirror
放射	モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.16→50 Å / Num. obs: 27835 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 3.16→3.24 Å / 冗長度: 3.8 % / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ収集
SCALEPACK		データ削減
MOLREP		モデル構築
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QP8

2qp8

解像度: 3.25→49.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.88 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.537 / ESU R Free: 0.603 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2951	1315	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2631	24467	-	-
obs	0.2647	25782	99.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 275.33 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	-0 Å²	0.24 Å²
2-	-	-0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.25→49.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9288	0	79	11	9378
B_iso mean	-	-	20	52.95	-
残基数	-	-	-	-	1171

LS精密化シェル

解像度: 3.246→3.33 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.402	90	-
R_work	-	1652	-
obs	-	-	91.35 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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