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万見
- PDB-6fgy: Crystal Structure of Human BACE-1 in Complex with amino-1,4-oxazi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fgy
タイトルCrystal Structure of Human BACE-1 in Complex with amino-1,4-oxazine compound 4
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE / OXAZINE
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / protein serine/threonine kinase binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / response to lead ion / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D9W / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Rondeau, J.-M. / Bourgier, E.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2018
タイトル: Discovery of amino-1,4-oxazines as potent BACE-1 inhibitors.
著者: Veenstra, S.J. / Rueeger, H. / Voegtle, M. / Lueoend, R. / Holzer, P. / Hurth, K. / Tintelnot-Blomley, M. / Frederiksen, M. / Rondeau, J.M. / Jacobson, L. / Staufenbiel, M. / Neumann, U. / Machauer, R.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4832
ポリマ－44,0941
非ポリマー3891
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.056, 76.738, 104.214
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 44093.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Refolded / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-D9W / ~{N}-[3-[(3~{R})-5-azanyl-3-methyl-2,6-dihydro-1,4-oxazin-3-yl]phenyl]-5-bromanyl-pyridine-2-carboxamide


分子量: 389.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17BrN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 15% PEG 1,500 in water

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月2日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→61.79 Å / Num. obs: 57667 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.25 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 16.23
反射 シェル解像度: 1.54→1.59 Å / 冗長度: 4.04 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / Num. unique obs: 419 / Rrim(I) all: 0.032 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSAugust 18, 2006データ削減
XSCALEAugust 18, 2006データスケーリング
CNX2002精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CNX2002位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.54→61.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1574315 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2884 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-57667 99.5 %-
溶媒の処理Bsol: 39.632 Å2 / ksol: 0.3597 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 62.29 Å2 / Biso mean: 23.3 Å2 / Biso min: 8.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.01 Å20 Å20 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----3.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→61.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2985 0 24 254 3263
Biso mean--16.44 30.08 -
残基数----379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.62
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.262.5
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 474 5 %
Rwork0.282 8997 -
all-9471 -
obs--99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3cis_peptide.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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