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- PDB-4trt: Deinococcus radiodurans DNA polymerase III subunit beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4trt
タイトルDeinococcus radiodurans DNA polymerase III subunit beta
要素DNA polymerase III subunit beta
キーワードTRANSFERASE / DNA clamp
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain ...DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Niiranen, L. / Lian, K. / Johnson, K.A. / Moe, E.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
The Research Council of Norway ノルウェー
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the DNA polymerase III beta subunit ( beta-clamp) from the extremophile Deinococcus radiodurans.
著者: Niiranen, L. / Lian, K. / Johnson, K.A. / Moe, E.
履歴
登録2014年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit beta
B: DNA polymerase III subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0872
ポリマ－79,0872
非ポリマー00
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area32040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.410, 84.410, 198.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit beta


分子量: 39543.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The last seven residues are not visible in the electron density. The last six residues are cloning artefacts. The Uniprot entry Q9RYE8 sequence is incorrect due to an annotation mistake in ...詳細: The last seven residues are not visible in the electron density. The last six residues are cloning artefacts. The Uniprot entry Q9RYE8 sequence is incorrect due to an annotation mistake in the genomic sequence leading to a frameshift. This is corrected in our sequence giving a protein of 362 aa.
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_0001 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star pLysS pRARE / 参照: UniProt: Q9RYE8, DNA-directed DNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The last six residues are cloning artefacts. The Uniprot entry Q9RYE8 sequence is incorrect due to ...The last six residues are cloning artefacts. The Uniprot entry Q9RYE8 sequence is incorrect due to an annotation mistake in the genomic sequence leading to a frameshift. This is corrected in our sequence giving a protein of 362 aa.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 21% PEG 5000 MME, 0.12 M TRIS, 3.6% HEXANEDIOL / Temp details: RT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月7日
放射モノクロメーター: silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97239 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 55287 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 40.228 Å2 / Rmerge F obs: 0.107 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 17.37 / Num. measured all: 184746
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2-2.053.30.7280.5282.613431410740320.62398.2
2.05-2.110.5470.423.4113741401839860.49399.2
2.11-2.170.4250.3424.2413260389238530.40299
2.17-2.240.3540.2914.9512814378637500.34399
2.24-2.310.2780.2176.3512166367236120.25798.4
2.31-2.390.2410.1857.1911244356734400.2296.4
2.39-2.480.1920.1558.3411274346833880.18397.7
2.48-2.580.1480.12210.3411347329532710.14399.3
2.58-2.70.1070.09412.9410917319031690.1199.3
2.7-2.830.0950.07714.9810305305430330.09299.3
2.83-2.980.0710.05818.839631292028880.06998.9
2.98-3.160.0540.04422.488239274226010.05294.9
3.16-3.380.0380.03428.988842262825920.0498.6
3.38-3.650.0290.02735.538058242923770.03297.9
3.65-40.0230.02340.447287224622080.02798.3
4-4.470.020.01944.26052204619570.02495.7
4.47-5.160.0150.01649.085495181017470.0296.5
5.16-6.320.0170.01748.645064155915200.0297.5
6.32-8.940.0160.01648.733507123611910.0296.4
8.940.0120.01458.5720727386720.01791.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2POL

2pol


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.183 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 2806 5.1 %RANDOM
Rwork0.1981 52481 --
obs0.2 55287 98.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.01 Å2 / Biso mean: 39.442 Å2 / Biso min: 26.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5432 0 0 292 5724
Biso mean---49.16 -
残基数----722
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.9827520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99639170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.125728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10924.05242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.42115938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.41546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021104
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 204 -
Rwork0.266 3559 -
all-3763 -
obs--97.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1968-1.08990.06444.56050.06221.47170.11080.17250.2227-0.2532-0.0542-0.1559-0.13760.0402-0.05660.0588-0.00240.0010.1209-0.01720.0494Chain A domain 23.299442.748743.4358
23.40990.3262-0.29452.0660.2271.7042-0.0622-0.3014-0.10960.1834-0.01720.02150.05430.05230.07940.04710.02260.0120.04360.0150.008Chain A domain 30.052115.187444.5949
33.8416-0.4578-1.65821.63660.82153.0224-0.0752-0.0277-0.4201-0.0322-0.0198-0.05060.13880.00530.09490.0456-0.00090.01250.10750.03450.1161Chain B domain 1-27.00236.276953.6247
42.2158-0.5955-0.05354.5064-0.54131.97170.00810.0778-0.23350.0074-0.03990.16860.1154-0.07210.03190.016-0.0273-0.00560.1110.00810.0344Chain B domain 2-50.965423.638157.0073
52.99650.9185-0.34352.792-0.51092.15450.0896-0.18780.09940.2419-0.04440.2363-0.1077-0.0945-0.04510.03870.01620.02610.03690.00090.0221Chain B domain 3-48.731350.584450.7007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A121 - 243
2X-RAY DIFFRACTION2A144 - 361
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4B121 - 243
5X-RAY DIFFRACTION5B244 - 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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