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- PDB-4tro: Structure of the enoyl-ACP reductase of Mycobacterium tuberculosi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tro
タイトルStructure of the enoyl-ACP reductase of Mycobacterium tuberculosis InhA, inhibited with the active metabolite of isoniazid
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / isoniazid
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-ZID / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Chollet, A. / Julien, S. / Mourey, L. / Maveyraud, L.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the enoyl-ACP reductase of Mycobacterium tuberculosis (InhA) in the apo-form and in complex with the active metabolite of isoniazid pre-formed by a biomimetic approach.
著者: Chollet, A. / Mourey, L. / Lherbet, C. / Delbot, A. / Julien, S. / Baltas, M. / Bernadou, J. / Pratviel, G. / Maveyraud, L. / Bernardes-Genisson, V.
履歴
登録2014年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,82211
ポリマ－28,5551
非ポリマー2,26710
水4,792266
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,28744
ポリマ－114,2194
非ポリマー9,06840
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/31
Buried area30900 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area33080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.434, 97.434, 139.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-435-

HOH

21A-447-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量: 28554.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: inhA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: M9TGV3, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

-
非ポリマー , 6種, 276分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZID / ISONICOTINIC-ACETYL-NICOTINAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 768.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H30N8O15P2
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 8-10 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium citrate, 0.1 M Na HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→48.72 Å / Num. obs: 77041 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.7 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 21.11
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.716 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1eny

1eny


解像度: 1.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.568 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15127 3858 5 %RANDOM
Rwork0.12143 ---
obs0.1229 73178 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.764 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20.3 Å2-0 Å2
2--0.61 Å2-0 Å2
3----1.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1994 0 141 266 2401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192274
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1742.0073113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.41934965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6915286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.75923.83786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.00915348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0081515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1990.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.47911.7041120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.44511.6871119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.93916.9761414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.94816.9871415
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it23.87415.8321154
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other23.86715.851155
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other22.37721.0231700
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.38838.4972721
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other16.61537.4292605
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.53534435
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free41.249595
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded37.6354556
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 264 -
Rwork0.194 5270 -
obs--98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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