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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tr0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GSSG-bound cGrx2 | ||||||
要素 | Glutaredoxin 3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Glutaredoxin / GSSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Alkaliphilus oremlandii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.951 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, E.H. / Hwang, K.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2014 タイトル: The GSH- and GSSG-bound structures of glutaredoxin from Clostridium oremlandii. 著者: Lee, E.H. / Kim, H.Y. / Hwang, K.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tr0.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tr0.ent.gz | 41.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tr0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/4tr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/4tr0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10660.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Alkaliphilus oremlandii (バクテリア) 株: OhILAs / 遺伝子: Clos_2422 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) star / 参照: UniProt: A8MJH2 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 28% PEG 400 (w/v), and 0.2 M calcium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 19791 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.27 Å2 / Net I/σ(I): 18.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KTE 解像度: 1.951→19.642 Å / FOM work R set: 0.8939 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.57 / 位相誤差: 18.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.73 Å2 / Biso mean: 19.56 Å2 / Biso min: 2.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.951→19.642 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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