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- PDB-4tpv: Crystal Structure of Hookworm Platelet Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tpv
タイトルCrystal Structure of Hookworm Platelet Inhibitor
要素Platelet inhibitor
キーワードBLOOD CLOTTING / cysteine-rich/antigen 5/pathogenesis-related 1 CAP platelet integrin
機能・相同性
機能・相同性情報


Cysteine-rich secretory protein-related / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Andersen, J.F. / Ma, D. / Francischetti, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: The structure of hookworm platelet inhibitor (HPI), a CAP superfamily member from Ancylostoma caninum.
著者: Ma, D. / Francischetti, I.M. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.
履歴
登録2014年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22015年6月24日Group: Database references
改定 1.32023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / refine_hist / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet inhibitor
B: Platelet inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2643
ポリマ－41,1722
非ポリマー921
水6,666370
1
A: Platelet inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6782
ポリマ－20,5861
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Platelet inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5861
ポリマ－20,5861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.158, 51.985, 73.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Platelet inhibitor


分子量: 20585.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ancylostoma caninum (いぬこうちゅう)
遺伝子: HPI / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q962V9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30 % PEG 6000, 0.1 M HEPES, pH 7.0 / PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→28.8 Å / Num. obs: 39309 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PHASER2.1.4位相決定
精密化解像度: 1.6→28.8 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1936 1980 5.04 %
Rwork0.1501 --
obs0.1523 39309 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2822 0 6 370 3198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0913940
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2411081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005520
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.63680.23621200.17922492X-RAY DIFFRACTION92
1.6368-1.68110.23941360.16822620X-RAY DIFFRACTION98
1.6811-1.73050.19641350.16122637X-RAY DIFFRACTION100
1.7305-1.78640.22811550.16212687X-RAY DIFFRACTION100
1.7864-1.85020.20831460.15652662X-RAY DIFFRACTION100
1.8502-1.92430.19061490.1522668X-RAY DIFFRACTION100
1.9243-2.01180.22521480.14782645X-RAY DIFFRACTION100
2.0118-2.11790.18571390.15122668X-RAY DIFFRACTION100
2.1179-2.25050.18281270.15282720X-RAY DIFFRACTION100
2.2505-2.42420.20911350.14822686X-RAY DIFFRACTION100
2.4242-2.6680.18561380.15992690X-RAY DIFFRACTION100
2.668-3.05370.19121510.15492685X-RAY DIFFRACTION100
3.0537-3.84590.17931500.13452713X-RAY DIFFRACTION100
3.8459-28.80.17771510.14192756X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.5443 Å / Origin y: -12.8599 Å / Origin z: -17.8662 Å
111213212223313233
T0.0739 Å20.0032 Å2-0.0093 Å2-0.0908 Å20.0145 Å2--0.0847 Å2
L0.3051 °20.1546 °20.046 °2-0.8676 °20.399 °2--0.3781 °2
S-0.0108 Å °0.0332 Å °-0.0019 Å °-0.0206 Å °0.0298 Å °-0.0126 Å °0.0038 Å °0.0458 Å °-0.009 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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