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- PDB-4tps: Sporulation Inhibitor of DNA Replication, SirA, in complex with D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tps
タイトルSporulation Inhibitor of DNA Replication, SirA, in complex with Domain I of DnaA
要素
  • Chromosomal replication initiator protein DnaA
  • Sporulation inhibitor of replication protein SirA
キーワードREPLICATION / Sporulation / Inhibitory complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-oriC complex / nucleoid / sporulation resulting in formation of a cellular spore / negative regulation of DNA replication / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA replication / lipid binding ...DnaA-oriC complex / nucleoid / sporulation resulting in formation of a cellular spore / negative regulation of DNA replication / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA replication / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sporulation inhibitor of replication protein SirA / Sporulation inhibitor of replication protein SirA / SirA superfamily / Sporulation inhibitor of replication protein SirA / DnaA, N-terminal domain / DnaA N-terminal domain / DnaA N-terminal domain / DnaA, N-terminal domain superfamily / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal ...Sporulation inhibitor of replication protein SirA / Sporulation inhibitor of replication protein SirA / SirA superfamily / Sporulation inhibitor of replication protein SirA / DnaA, N-terminal domain / DnaA N-terminal domain / DnaA N-terminal domain / DnaA, N-terminal domain superfamily / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix / DnaA protein signature. / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / Trp repressor/replication initiator / TATA-Binding Protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Sporulation inhibitor of replication protein SirA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Jameson, K.H. / Turkenburg, J.P. / Fogg, M.J. / Grahl, A. / Wilkinson, A.J.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: Structure and interactions of the Bacillus subtilis sporulation inhibitor of DNA replication, SirA, with domain I of DnaA.
著者: Jameson, K.H. / Rostami, N. / Fogg, M.J. / Turkenburg, J.P. / Grahl, A. / Murray, H. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2014年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sporulation inhibitor of replication protein SirA
B: Chromosomal replication initiator protein DnaA
C: Sporulation inhibitor of replication protein SirA
D: Chromosomal replication initiator protein DnaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1517
ポリマ－56,9354
非ポリマー2153
水5,314295
1
A: Sporulation inhibitor of replication protein SirA
B: Chromosomal replication initiator protein DnaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6054
ポリマ－28,4682
非ポリマー1372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12510 Å2
手法PISA
2
C: Sporulation inhibitor of replication protein SirA
D: Chromosomal replication initiator protein DnaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5463
ポリマ－28,4682
非ポリマー781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.287, 34.685, 84.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUPROPROAA2 - 1418 - 147
21GLUGLUPROPROCC2 - 1418 - 147
12ALAALAILEILEBB0 - 803 - 83
22ALAALAILEILEDD0 - 803 - 83

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Sporulation inhibitor of replication protein SirA / SirA


分子量: 18723.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: sirA, yneE, yoxF, BSU17900 / プラスミド: pET-YSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45707
#2: タンパク質 Chromosomal replication initiator protein DnaA / Domain I of DnaA


分子量: 9744.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: dnaA, dnaH, BSU00010 / プラスミド: pET-YSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05648
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 200 mM NH4 acetate, 25 % (w/v) PEG 3350, 1% (v/v) DMF
PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→82.86 Å / Num. obs: 52893 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 12.5

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0071 / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.65→82.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 4.737 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19293 2707 5.1 %RANDOM
Rwork0.12638 ---
obs0.12968 50178 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.016 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20.47 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→82.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3759 0 12 295 4066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193907
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.671.9455280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84638484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7415452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.64224.091198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67115712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7721518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0842.2911794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0762.2891792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7823.442238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7853.4422239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3132.9212113
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.3122.922114
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.9124.1343039
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.61120.4014622
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.44819.9384505
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.96837587
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.918595
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.54957682
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A43430.16
12C43430.16
21B25160.11
22D25160.11
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 214 -
Rwork0.179 3679 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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