PDB-4tnp: Structural basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-GTP-dCTP-cCT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tnp

タイトル

Structural basis of cellular dNTP regulation, SAMHD1-GTP-dCTP-cCTP complex

要素

Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

キーワード

HYDROLASE / SAMHD1 / HIV / restriction factor / dNTPase / dNTP regulation / host pathogen interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTPase activity / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ji, X. / Tang, C. / Zhao, Q. / Wang, W. / Xiong, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis of cellular dNTP regulation by SAMHD1.
著者: Ji, X. / Tang, C. / Zhao, Q. / Wang, W. / Xiong, Y.

履歴

登録	2014年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月15日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月29日	Group: Database references
改定 2.0	2022年3月30日	Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site_anisotrop / citation ...atom_site_anisotrop / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn / struct_keywords Item: _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id ..._atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_keywords.text
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tnp.cif.gz	816.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tnp.ent.gz	674.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tnp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4tnp_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tnp_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	4tnp_validation.xml.gz	73 KB	表示
CIF形式データ	4tnp_validation.cif.gz	98.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/4tnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/4tnp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tnqC 4tnrC 4tnxC 4tnyC 4tnzC 4to0C 4to1C 4to2C 4to3C 4to4C 4to5C 4to6C 4bzbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qg1-d 4to1-d 4zwe-d 4qfx-d 6cm2-d 6txa-3 4to2-d 4tny-d 6dwj-d 6dwk-d 6txa-1 4qg0-d 6txe-2 4to0-d 4to6-d 4rxp-1 4tnr-d 4bzb-d 6dw4-d 6dwd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

B: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

C: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

D: Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1

ヘテロ分子

244 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.507, 140.753, 97.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.790, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	TRP	TRP	A	A	114 - 598	2 - 486
2	1	THR	THR	TRP	TRP	B	B	114 - 598	2 - 486
1	2	THR	THR	TRP	TRP	A	A	114 - 598	2 - 486
2	2	THR	THR	TRP	TRP	C	C	114 - 598	2 - 486
1	3	THR	THR	ASN	ASN	A	A	114 - 599	2 - 487
2	3	THR	THR	ASN	ASN	D	D	114 - 599	2 - 487
1	4	ASP	ASP	TRP	TRP	B	B	113 - 598	1 - 486
2	4	ASP	ASP	TRP	TRP	C	C	113 - 598	1 - 486
1	5	ASP	ASP	ASN	ASN	B	B	113 - 599	1 - 487
2	5	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	113 - 599	1 - 487
1	6	ASP	ASP	TRP	TRP	C	C	113 - 598	1 - 486
2	6	ASP	ASP	TRP	TRP	D	D	113 - 598	1 - 486

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Deoxynucleoside triphosphate triphosphohydrolase SAMHD1 / dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM ...dNTPase / Dendritic cell-derived IFNG-induced protein / DCIP / Monocyte protein 5 / MOP-5 / SAM domain and HD domain-containing protein 1 分子量: 59604.172 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 113-626 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMHD1, MOP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP 分子量: 467.157 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₃P₃
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.4 / 詳細: SPG buffer, PEG 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 131807 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.125 / Χ²: 1.029 / Net I/av σ(I): 6.687 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 419174

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs
2-2.03	3	6638	0.984	98.7
2.03-2.07	3	6522	1.13	98.5
2.07-2.11	3.1	6561	1.269	98.4
2.11-2.15	3	6539	0.977	98.4
2.15-2.2	3	6555	1.04	98.1
2.2-2.25	2.7	6487	1.092	97.1
2.25-2.31	3.1	6594	1.23	98.5	0.856
2.31-2.37	3.3	6569	1.064	99	0.667
2.37-2.44	3.2	6605	1.029	98.9	0.573
2.44-2.52	3.2	6572	0.991	98.9	0.464
2.52-2.61	3.2	6668	1.024	99	0.38
2.61-2.71	3	6539	1.148	98.2	0.358
2.71-2.84	3.2	6572	1.069	98.4	0.228
2.84-2.99	3.4	6645	1.062	99.6	0.178
2.99-3.17	3.4	6628	1.03	99.3	0.149
3.17-3.42	3.3	6659	0.889	98.9	0.126
3.42-3.76	3.2	6586	0.905	98	0.112
3.76-4.31	3.5	6619	0.809	98.8	0.09
4.31-5.43	3.2	6576	1.021	97.4	0.073
5.43-50	3.4	6673	0.919	98.1	0.073

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BZB

4bzb

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 16.661 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2216	6547	5 %	RANDOM
R_work	0.1978	125063	-	-
obs	0.199	131610	97.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.29 Å² / B_iso mean: 32.077 Å² / B_iso min: 13.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.29 Å²	-0 Å²	-2.03 Å²
2-	-	-1.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15720	0	356	334	16410
B_iso mean	-	-	26.7	41.35	-
残基数	-	-	-	-	1924

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	16480
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	15639
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	1.984	22331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.25	3	36013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.151	5	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.705	23.96	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.518	15	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.701	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	18265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	3883
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.002	2.947	7703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.001	2.947	7702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.241	4.41	9620

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	30474	0.09
1	2	B	30474	0.09
2	1	A	30317	0.1
2	2	C	30317	0.1
3	1	A	30616	0.09
3	2	D	30616	0.09
4	1	B	30444	0.1
4	2	C	30444	0.1
5	1	B	30814	0.08
5	2	D	30814	0.08
6	1	C	30756	0.09
6	2	D	30756	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	434	-
R_work	0.355	8519	-
all	-	8953	-
obs	-	-	89.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7662	0.0188	0.2518	0.4961	0.1618	0.7422	0.0027	-0.2229	-0.148	0.2786	0.0347	-0.0888	0.1712	0.1311	-0.0374	0.2296	0.0336	-0.068	0.1413	0.0511	0.0562	40.8285	-4.2315	34.7815
2	0.5033	0.0795	0.2038	0.7525	0.0558	0.5117	0.0344	0.0808	-0.0691	-0.0989	-0.0773	0.2304	-0.0401	-0.0395	0.0429	0.0375	0.0199	-0.0572	0.0381	-0.0456	0.1059	11.0671	2.2062	-5.1337
3	0.7548	0.0552	0.3021	0.9418	0.4166	0.7993	-0.0196	0.1485	0.0135	-0.0696	0.0448	-0.1318	-0.1316	0.2447	-0.0252	0.052	-0.0604	-0.0111	0.1197	0.0121	0.0316	44.3448	14.6935	1.036
4	0.841	-0.0296	0.2618	0.6517	-0.0412	0.8639	0.0239	-0.3268	0.0314	0.2137	-0.066	0.1701	-0.0268	-0.2295	0.0421	0.0789	-0.0284	0.0554	0.1594	-0.0398	0.0484	6.4842	7.0002	33.3887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	114 - 599
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	113 - 599
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	113 - 598
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	113 - 599

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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