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万見
- PDB-4tn5: Crystal Structure of Predicted Fructose Specific IIB from Escheri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tn5
タイトルCrystal Structure of Predicted Fructose Specific IIB from Escherichia Coli
要素Fructose-like phosphotransferase enzyme IIB component 3
キーワードTRANSFERASE / IIB / EIIB(fruc) / alpha/beta / phosphoryl group transferase / EIIA / EIIC
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-phosphocysteine-D-fructose-phosphotransferase system transporter activity / protein-Npi-phosphohistidine-D-fructose phosphotransferase / protein-N(PI)-phosphohistidine-fructose phosphotransferase system transporter activity / fructose import across plasma membrane / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, fructose-specific IIB subunit / : / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2 / PTS_EIIB type-2 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2/3 / PTS system IIB component-like superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIB subunit / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PTS system fructose-like EIIB component 3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.285 Å
データ登録者Kim, M.S. / Shin, D.H.
資金援助 韓国, 5件
組織認可番号国
NRF by MEST (NCRC)2012-0000952 韓国
NRF by MEST (CRC)2010K000266 韓国
NRF by MEST2008-331-C0023 韓国
NRF by MEST2010-0003907 韓国
NRF by MEST2013R1A1A1A05008769 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High-accuracy protein modeling and its application to molecular replacement of crystallographic phasing
著者: Kim, M.S. / Shin, D.H. / Lee, J. / Joo, K. / Park, J. / Lee, D. / Berry, E.A. / Jhon, G.-J.
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年6月10日ID: 4JXD
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-like phosphotransferase enzyme IIB component 3
B: Fructose-like phosphotransferase enzyme IIB component 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6433
ポリマ－25,5852
非ポリマー591
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.110, 33.110, 154.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Fructose-like phosphotransferase enzyme IIB component 3 / PTS system fructose-like EIIB component 3


分子量: 12792.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: frwD, yijN, b3953, JW3925 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P32676, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.3 %
解説: 0.1M BIS-TRIS, 10MM NICKEL (II) HLORIDE, 10MM CESIUM CHLORIDE, 20% PEG MME 2000, PH 8.5,
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS, 10MM NICKEL (II) CHLORIDE, 10MM CESIUM CHLORIDE, 20% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.4869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月14日
放射モノクロメーター: SILICON DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→51.43 Å / Num. obs: 7223 / % possible obs: 83.6 % / 冗長度: 5.8 % / Net I/σ(I): 11.6

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1420) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.285→51.427 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 41.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 717 10.01 %
Rwork0.2226 --
obs0.2302 7166 83.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.285→51.427 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1768 0 1 17 1786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2742426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.498664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2849-2.46130.4393490.2844468X-RAY DIFFRACTION30
2.4613-2.7090.37761420.29521393X-RAY DIFFRACTION89
2.709-3.1010.37251720.26691518X-RAY DIFFRACTION100
3.101-3.90670.31491770.23151539X-RAY DIFFRACTION100
3.9067-51.440.24621770.18951531X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.5925 Å / Origin y: -4.6085 Å / Origin z: 0.1919 Å
111213212223313233
T0.1726 Å2-0.0033 Å2-0.0307 Å2-0.1407 Å2-0.0127 Å2--0.2107 Å2
L0.8872 °20.61 °22.1633 °2-0.6521 °21.5285 °2--5.2794 °2
S0.0307 Å °-0.0014 Å °-0.1211 Å °-0.0261 Å °-0.0109 Å °-0.0807 Å °-0.1675 Å °-0.1231 Å °0.1894 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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