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Yorodumi- PDB-4tmz: Translation initiation factor eIF5B (517-858) from C. thermophilu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tmz | ||||||
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Title | Translation initiation factor eIF5B (517-858) from C. thermophilum, bound to GTPgammaS and potassium | ||||||
Components | eIF5B | ||||||
Keywords | TRANSLATION / Translation factor / GTPase | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein-synthesizing GTPase / translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.28 Å | ||||||
Authors | Kuhle, B. / Ficner, R. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2014 Title: A monovalent cation acts as structural and catalytic cofactor in translational GTPases. Authors: Kuhle, B. / Ficner, R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4tmz.cif.gz | 286.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4tmz.ent.gz | 230.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4tmz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4tmz_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4tmz_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 4tmz_validation.xml.gz | 26.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4tmz_validation.cif.gz | 37.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/4tmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/4tmz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4tmtC 4tmvC 4tmwC 4tmxC 4tn1C 4ncnS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP
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Details | The biological unit is a monomer. There are 2 fragments of the biological unit in the asymmetric unit (chains A & B) |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 38370.016 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: G domain and domain II / Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta2 / References: UniProt: G0S8G9*PLUS |
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-Non-polymers , 6 types, 178 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Compound details | The accession number on NCBI for the corresponding gene is XP_006693439. |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG 8000, glycerol, KCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 12, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.28→50 Å / Num. obs: 38004 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 46.06 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 21.43 / Num. measured all: 307464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4NCN Resolution: 2.28→47.679 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 24.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 176.45 Å2 / Biso mean: 60.7918 Å2 / Biso min: 28.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.28→47.679 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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