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- PDB-4tmu: Crystal structure of RecQ catalytic core from C. sakazakii bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tmu
タイトルCrystal structure of RecQ catalytic core from C. sakazakii bound to DNA
要素
  • DNA (29-MER)
  • RecQ
キーワードHydrolase/DNA / RecQ / helicase / Winged helix / ATP binding / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial nucleoid / four-way junction helicase activity / SOS response / replisome / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / DNA recombination / DNA replication / hydrolase activity / DNA repair ...bacterial nucleoid / four-way junction helicase activity / SOS response / replisome / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / DNA recombination / DNA replication / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type, bacterial / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding ...DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type, bacterial / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / HRDC domain superfamily / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA helicase RecQ
類似検索 - 構成要素
生物種Cronobacter sakazakii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Manthei, K.A. / Keck, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103399 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM098885 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural mechanisms of DNA binding and unwinding in bacterial RecQ helicases.
著者: Manthei, K.A. / Hill, M.C. / Burke, J.E. / Butcher, S.E. / Keck, J.L.
履歴
登録2014年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32015年4月22日Group: Database references
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RecQ
B: DNA (29-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9593
ポリマ－70,8942
非ポリマー651
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area27360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.348, 93.959, 100.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 RecQ


分子量: 60445.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Exact C-terminus not defined, the HRDC domain was removed with thrombin.
由来: (組換発現) Cronobacter sakazakii (バクテリア)
株: ATCC BAA-894 / 遺伝子: ESA_03738 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7MQK9
#2: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 10448.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 70 mM NaOAc, 24% glycerol, 11% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 29764 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 7.7 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0071 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.757 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23253 1506 5.1 %RANDOM
Rwork0.17853 ---
obs0.18127 28225 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.418 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.99 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3---3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4010 594 1 302 4907
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0184748
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2421.8426547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85639838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9885510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06723.3200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.9915703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2741543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.594.3572043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.594.3562042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2026.5282552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2016.532553
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4156.0692705
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4136.0662704
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6279.0143995
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.96246.1765865
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.86646.1915756
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.393→2.455 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 106 -
Rwork0.222 1972 -
obs--96.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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