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- PDB-4tmd: X-ray structure of Putative uncharacterized protein (Rv0999 ortho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tmd
タイトルX-ray structure of Putative uncharacterized protein (Rv0999 ortholog) from Mycobacterium smegmatis
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性Domain of unknown function DUF5642 / Domain of unknown function (DUF5642) / IODIDE ION / DUF5642 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Horanyi, P.S. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of Putative uncharacterized protein (Rv0999 ortholog) from Mycobacterium smegmatis
著者: Horanyi, P.S. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.
履歴
登録2014年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5947
ポリマ－20,8331
非ポリマー7616
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.980, 37.830, 151.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-417-

HOH

21A-466-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / Rv0999 ortholog


分子量: 20832.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-224 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_5452 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0R3F3
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24 % w/v PEG 1500/ 20 % v/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection数: 695979 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.03 / D res high: 2 Å / Num. obs: 24800 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
6.328.9449710.025
5.166.3267410.029
4.475.1678210.028
44.4788510.03
3.65496010.035
3.383.65106410.036
3.163.38113810.042
2.983.16120910.052
2.832.98130410.063
2.72.83133910.08
2.582.7141310.088
2.482.58148110.113
2.392.48148410.127
2.312.39161010.147
2.242.31163610.157
2.172.24169010.179
2.112.17170910.211
2.052.11182010.238
22.05181510.296
反射解像度: 2→37.91 Å / Num. obs: 24800 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 28.06 % / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 56.03 / Num. measured all: 695979
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2-2.050.9810.29610.5227487181718150.30699.9
2.05-2.110.9910.23815.0736092182018200.244100
2.11-2.170.9950.21120.1344910170917090.215100
2.17-2.240.9970.17924.5250221169016900.182100
2.24-2.310.9980.15727.548811163616360.16100
2.31-2.390.9980.14729.5648397161016100.149100
2.39-2.480.9980.12733.344589148414840.129100
2.48-2.580.9990.11336.8144758148114810.115100
2.58-2.70.9990.08845.2542949141314130.089100
2.7-2.830.9990.0850.5440810133913390.081100
2.83-2.9810.06361.4639933130413040.064100
2.98-3.1610.05272.136985120912090.053100
3.16-3.3810.04291.6134950113811380.043100
3.38-3.6510.036109.832655106410640.036100
3.65-410.035120.98292829609600.035100
4-4.4710.03137.94269478858850.03100
4.47-5.1610.028140.68237937827820.028100
5.16-6.3210.029133.35200976746740.03100
6.32-8.9410.025140.09144194984970.02599.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SHELX位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→37.907 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2159 1234 4.98 %
Rwork0.188 23529 -
obs0.1894 24763 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.57 Å2 / Biso mean: 30.4841 Å2 / Biso min: 10.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→37.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1413 0 6 129 1548
Biso mean--106.22 35.79 -
残基数----190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1511968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.314540
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.08020.24591380.204726202758
2.0802-2.17480.20741430.20426162759
2.1748-2.28950.25391320.198425962728
2.2895-2.43290.30981340.208725932727
2.4329-2.62070.23831340.200826312765
2.6207-2.88430.22181290.198826192748
2.8843-3.30150.23271330.19626612794
3.3015-4.15870.18211390.169925952734
4.1587-37.91430.18541520.173325982750

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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