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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tlz | ||||||
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タイトル | Kutzneria sp. 744 ornithine N-hydroxylase, KtzI-FADox-NADP+-L-orn | ||||||
![]() | KtzI | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / hydroxylase / flavin / monooxygenase / ornithine | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-lysine N6-monooxygenase (NADPH) / L-lysine 6-monooxygenase (NADPH) activity / cellular biosynthetic process / organonitrogen compound biosynthetic process / intracellular iron ion homeostasis / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Setser, J.W. / Drennan, C.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic Evidence of Drastic Conformational Changes in the Active Site of a Flavin-Dependent N-Hydroxylase. 著者: Setser, J.W. / Heemstra, J.R. / Walsh, C.T. / Drennan, C.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 356.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 285.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 94.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 49425.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 606分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/ORN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/ORN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-NAP / #4: 化合物 | ChemComp-ORN / #5: 化合物 | ChemComp-K / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.9-1.15 M potassium thiocyanate, 22-25% PEG 3350, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5 Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.41→100 Å / Num. obs: 83380 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.41→2.45 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.568 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3S5W 解像度: 2.411→47.299 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.411→47.299 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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