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- PDB-4tlx: Kutzneria sp. 744 ornithine N-hydroxylase, KtzI-FADred-NADP+-L-orn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tlx
タイトルKutzneria sp. 744 ornithine N-hydroxylase, KtzI-FADred-NADP+-L-orn
要素KtzI
キーワードOXIDOREDUCTASE / hydroxylase / flavin / ornithine / monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lysine N6-monooxygenase (NADPH) / L-lysine 6-monooxygenase (NADPH) activity / cellular biosynthetic process / : / intracellular iron ion homeostasis / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L-ornithine / L-lysine N6-monooxygenase MbtG
類似検索 - 構成要素
生物種Kutzneria sp. 744 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Setser, J.W. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystallographic Evidence of Drastic Conformational Changes in the Active Site of a Flavin-Dependent N-Hydroxylase.
著者: Setser, J.W. / Heemstra, J.R. / Walsh, C.T. / Drennan, C.L.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KtzI
B: KtzI
C: KtzI
D: KtzI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,70825
ポリマ－197,7044
非ポリマー7,00421
水10,611589
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27890 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area58010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.150, 156.906, 163.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
KtzI / Peptide monooxygenase


分子量: 49425.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kutzneria sp. 744 (バクテリア) / 遺伝子: ktzI, KUTG_08917 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A8CF85

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非ポリマー , 5種, 610分子

#2: 化合物
ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.9-1.15 M potassium thiocyanate, 22-25% PEG 3350, 0.1 M Bis-tris propane pH 8.5
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→66 Å / Num. obs: 106307 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.572 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S5W

3s5w


解像度: 2.23→49.819 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2137 4888 4.94 %
Rwork0.1865 --
obs0.1879 98964 92.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→49.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12824 0 449 589 13862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20518625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0274731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0992052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.23-2.25090.2961770.241589X-RAY DIFFRACTION48
2.2509-2.27740.2762920.2461961X-RAY DIFFRACTION57
2.2774-2.30510.2791290.2462169X-RAY DIFFRACTION66
2.3051-2.33430.27991440.24232576X-RAY DIFFRACTION77
2.3343-2.3650.30971260.2432809X-RAY DIFFRACTION84
2.365-2.39740.33281580.24193004X-RAY DIFFRACTION89
2.3974-2.43170.3011390.23783080X-RAY DIFFRACTION92
2.4317-2.4680.26471380.23153122X-RAY DIFFRACTION92
2.468-2.50650.25081600.23353024X-RAY DIFFRACTION91
2.5065-2.54760.25861670.22833384X-RAY DIFFRACTION99
2.5476-2.59150.26661910.21643271X-RAY DIFFRACTION99
2.5915-2.63870.26011650.22283356X-RAY DIFFRACTION99
2.6387-2.68940.25771820.21673305X-RAY DIFFRACTION99
2.6894-2.74430.23211490.21693368X-RAY DIFFRACTION100
2.7443-2.8040.24311800.21553360X-RAY DIFFRACTION100
2.804-2.86920.24871750.2113324X-RAY DIFFRACTION99
2.8692-2.94090.23121800.21543337X-RAY DIFFRACTION99
2.9409-3.02040.24161740.21333387X-RAY DIFFRACTION100
3.0204-3.10930.24371950.22683326X-RAY DIFFRACTION99
3.1093-3.20970.24811750.21613280X-RAY DIFFRACTION98
3.2097-3.32440.24611640.19853275X-RAY DIFFRACTION97
3.3244-3.45740.20631810.18243373X-RAY DIFFRACTION100
3.4574-3.61470.21551930.17213365X-RAY DIFFRACTION100
3.6147-3.80520.17922130.16743369X-RAY DIFFRACTION100
3.8052-4.04360.18421800.16133408X-RAY DIFFRACTION100
4.0436-4.35560.16591640.13923417X-RAY DIFFRACTION100
4.3556-4.79360.13891670.143333X-RAY DIFFRACTION97
4.7936-5.48650.16991850.14153440X-RAY DIFFRACTION100
5.4865-6.90950.18651730.1673508X-RAY DIFFRACTION100
6.9095-49.83170.17641720.15623556X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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