PDB-4tlm: Crystal structure of GluN1/GluN2B NMDA receptor, structure 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tlm

タイトル

Crystal structure of GluN1/GluN2B NMDA receptor, structure 2

要素

(receptor subunit ...) x 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / neurotransmitter receptor / NMDA receptor / GluN1/GluN2B / membrane protein / ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / ligand-gated sodium channel activity / response to zinc ion / response to magnesium ion / glutamate-gated calcium ion channel activity / sodium ion transmembrane transport / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.77 Å

データ登録者

Gouaux, E. / Lee, C.-H. / Lu, W.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: NMDA receptor structures reveal subunit arrangement and pore architecture.
著者: Lee, C.H. / Lu, W. / Michel, J.C. / Goehring, A. / Du, J. / Song, X. / Gouaux, E.

履歴

登録	2014年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月9日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2014年7月16日	Group: Database references
改定 1.3	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4tlm.ent.gz	866.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4tlm_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tlm_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4tlm_validation.xml.gz	105.6 KB	表示
CIF形式データ	4tlm_validation.cif.gz	141.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/4tlm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/4tlm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4tllC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mmt-d 6mmk-d 6cna-d 6mmh-d 6mm9-d 9150 9154 7529 6mmu-d 9161 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (11) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: receptor subunit GluN1

B: receptor subunit GluN2B

C: receptor subunit GluN1

D: receptor subunit GluN2B

ヘテロ分子

374 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	203.490, 118.430, 226.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
Receptor subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	receptor subunit GluN1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-8a 分子量: 92722.305 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-836 変異: C22A, K51F, K52F, N300Q, N350Q, N368D, N440D, N469D, K493A, K494A, E495A, G610R, I617L, D656R, N769E, Del(K588-E595), Replacement of 845-853 with SRAEAKRMK 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C0KD18, UniProt: A0A1L8F5J9*PLUS
#2: タンパク質	receptor subunit GluN2B / Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B 分子量: 93088.461 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-839 変異: M20S, G21R, C22A, A64E, N69Q, K216C, N343D, T490V, C585A, E654R, E655R, V615L, Del(K382-V385), Del(R584-G593), Replacement of 854-864 with YKSRAEAKRMK 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: NR2B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A7XY94

#1: タンパク質

receptor subunit GluN1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-8a

分子量: 92722.305 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-836
変異: C22A, K51F, K52F, N300Q, N350Q, N368D, N440D, N469D, K493A, K494A, E495A, G610R, I617L, D656R, N769E, Del(K588-E595), Replacement of 845-853 with SRAEAKRMK
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C0KD18, UniProt: A0A1L8F5J9*PLUS

#2: タンパク質

receptor subunit GluN2B / Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B

分子量: 93088.461 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-839
変異: M20S, G21R, C22A, A64E, N69Q, K216C, N343D, T490V, C585A, E654R, E655R, V615L, Del(K382-V385), Del(R584-G593), Replacement of 854-864 with YKSRAEAKRMK
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: NR2B / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A7XY94

-
糖 , 1種, 7分子

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 4分子

#4: 化合物	ChemComp-1AC / 1-AMINOCYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID / 1-アミノシクロプロパン-1-カルボン酸タイプ: peptide linking / 分子量: 101.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₂
#5: 化合物	ChemComp-QEM / 4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol / Ro-25-6981 分子量: 339.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₉NO₂
#6: 化合物	ChemComp-JEG / trans-1-aminocyclobutane-1,3-dicarboxylic acid / 1-アミノシクロブタン-1α,3α-ジカルボン酸分子量: 159.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₉NO₄

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月20日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.77→48.2 Å / Num. obs: 44066 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.44 % / Net I/σ(I): 7.46

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1723) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.77→29.959 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 33.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2921	2200	5 %
R_work	0.2527	-	-
obs	0.2547	44008	83.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.77→29.959 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19381	0	166	0	19547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	19903
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.438	27448
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.935	5786
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	3446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3640

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.7701-3.8519	0.4962	80	0.4456	1330	X-RAY DIFFRACTION	43
3.8519-3.9413	0.4141	77	0.3438	1503	X-RAY DIFFRACTION	47
3.9413-4.0396	0.2693	85	0.2711	1806	X-RAY DIFFRACTION	58
4.0396-4.1486	0.2745	118	0.2499	2008	X-RAY DIFFRACTION	65
4.1486-4.2703	0.3245	125	0.2491	2233	X-RAY DIFFRACTION	72
4.2703-4.4078	0.3157	109	0.2433	2454	X-RAY DIFFRACTION	78
4.4078-4.5648	0.271	150	0.2299	2636	X-RAY DIFFRACTION	85
4.5648-4.7468	0.2539	149	0.2296	2936	X-RAY DIFFRACTION	93
4.7468-4.962	0.3023	162	0.2377	3051	X-RAY DIFFRACTION	97
4.962-5.2223	0.2775	159	0.2469	3041	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2223-5.5475	0.277	159	0.2714	3109	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5475-5.9727	0.3445	164	0.2875	3076	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9727-6.5681	0.3357	159	0.3013	3133	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5681-7.5054	0.3767	168	0.2868	3107	X-RAY DIFFRACTION	99
7.5054-9.4072	0.2564	169	0.227	3157	X-RAY DIFFRACTION	99
9.4072-29.9596	0.249	167	0.2236	3228	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4836	-0.9428	0.5966	3.0428	0.7336	1.6178	-0.3096	0.0354	0.9568	-0.9971	0.6176	-0.9674	-0.7774	0.0908	0.3307	0.0028	0.053	-0.1815	0.1084	0.1454	0.3419	-19.9082	21.0723	214.7501
2	0.4451	-0.0588	-0.5613	0.4612	0.9719	2.7708	-0.1635	0.306	-0.6006	0.1476	-0.3125	0.1381	1.5659	0.2295	1.5244	1.6229	1.4307	0.6406	1.9101	0.044	1.4409	-52.7826	6.9343	260.1204
3	6.6486	0.5835	-4.3888	7.8261	-4.6697	8.8209	-0.684	-1.5788	-2.1228	1.0573	-0.2711	1.3579	0.8577	1.0177	0.774	4.334	0.2308	1.2328	1.8663	0.1832	2.0787	-66.0761	-14.6409	321.8718
4	0.582	-0.3015	0.7582	0.4547	0.2863	1.8848	-0.004	0.4968	-0.3761	1.0067	0.154	0.5505	1.1782	-0.3783	0.4259	2.2812	0.8283	0.9298	1.5625	0.0221	1.9078	-48.8681	0.9653	272.5793
5	1.7715	2.6107	0.8227	4.6787	0.0886	2.9749	0.0252	-0.151	-0.8928	-0.6051	0.4029	-0.8454	0.9432	-0.2337	0.1265	0.7282	-0.3327	0.3403	0.375	-0.1978	1.7692	-14.196	-19.281	204.743
6	1.9584	0.4806	-1.9487	0.261	0.3709	1.1118	-0.6906	-1.5874	-1.1544	0.7078	0.5815	-0.1269	1.2243	0.4526	1.1326	1.5178	0.5372	0.182	1.2637	0.1759	2.0296	-20.2897	-12.9914	251.4708
7	5.6909	-4.8949	1.8604	4.2099	-1.6001	0.6081	0.2819	0.2389	-0.2134	-0.3317	0.0546	0.2925	0.6908	0.9533	-0.2555	5.2388	0.1706	1.9205	3.0964	-1.0567	4.7275	-28.1603	-38.6351	284.785
8	0.9317	-0.0119	-0.5559	0.0203	0.1296	0.7528	-0.1083	-0.1915	-1.124	1.2461	-0.6436	2.0055	1.3043	0.7173	1.2045	3.7503	1.5987	1.3715	3.1278	0.0702	2.8975	-22.1166	-17.7522	278.8144
9	4.8403	3.8764	-4.7682	5.5207	-2.3277	5.6165	0.1759	0.0927	-0.1038	0.7762	0.4369	-0.6969	0.3046	2.8306	-0.639	4.7635	0.3253	0.2311	4.8679	-1.6775	2.2631	-48.0657	-20.2203	318.4114
10	3.8096	-0.1729	5.5144	0.0494	-0.3004	8.0416	-0.0409	-2.0108	2.2785	1.8741	-0.8903	-0.231	-2.5023	-2.7592	0.8665	4.6315	1.473	-0.4135	2.8146	-0.7439	2.9419	-51.2147	-22.0535	336.4033
11	1.0407	0.005	0.4153	0.5826	0.0573	0.2295	-0.4573	-1.7828	-0.2686	0.2763	0.7023	-0.3079	0.7191	2.0271	0.1222	1.9764	1.2147	0.0989	3.2838	0.0313	1.7619	20.9133	-3.3624	267.9039
12	4.6029	-1.8875	4.4697	8.0088	-0.6651	4.525	1.8282	0.2483	0.9286	0.994	-1.4198	3.0971	0.1882	0.9785	-0.5342	2.4914	-0.03	1.198	2.2791	0.0873	2.0995	-70.3052	9.6324	318.358
13	4.0778	-0.8987	-1.4957	0.2305	0.2079	3.3498	-1.8603	-0.2947	-0.0669	0.6911	0.7919	-0.1739	1.7492	1.1124	0.5807	3.0949	0.7366	0.0724	2.7587	0.5636	1.9443	-21.5921	-0.0282	294.8459
14	1.2546	1.2952	0.0631	3.354	-0.5486	0.1801	-0.047	-1.0954	0.7311	1.6571	0.6552	-0.8671	-0.3187	1.1167	-0.2315	1.1603	0.3117	-0.503	2.7082	-0.9381	1.998	21.8111	26.473	260.2026
15	0.6765	0.0626	-0.6391	2.3831	0.9988	1.8021	0.5335	-0.3911	0.5299	0.2568	0.066	0.1129	0.1086	0.6471	-0.2641	1.164	0.6449	0.0242	2.473	0.0159	1.051	-36.2439	19.7033	278.0006
16	2.0978	1.3099	-1.1105	0.7335	-0.4011	1.6536	-0.1261	-1.1059	0.3773	0.976	0.0444	0.9073	0.7699	1.2261	-0.2267	1.9994	0.6941	0.4034	1.8934	0.3458	1.4087	-45.028	20.8639	282.4929

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 23:399)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 400:592)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 593:619)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 620:827)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 27:88)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 89:687)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 688:694)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 695:803)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 804:813)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 814:828)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 23:592)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 593:619)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 620:821)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 30:371)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 372:618)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 619:827)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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