PDB-4tlc: Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tlc

タイトル

Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC

要素

Circadian clock protein kinase KaiC

キーワード

TRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Abe, J. / Hiyama, T.B. / Mukaiyama, A. / Son, S. / Akiyama, S.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Atomic-scale origins of slowness in the cyanobacterial circadian clock
著者: Abe, J. / Hiyama, T.B. / Mukaiyama, A. / Son, S. / Mori, T. / Saito, S. / Osako, M. / Wolanin, J. / Yamashita, E. / Kondo, T. / Akiyama, S.

履歴

登録	2014年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月8日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.3	2020年1月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tlc.cif.gz	587.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tlc.ent.gz	483.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tlc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4tlc_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tlc_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	4tlc_validation.xml.gz	58.4 KB	表示
CIF形式データ	4tlc_validation.cif.gz	81.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/4tlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/4tlc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tl6C 4tl7C 4tl8C 4tl9C 4tlaC 4tlbC 4tldC 4tleC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tlb-d 4tl6-1 4tla-d 4tld-d 4tl8-d 5yz8-d 4tl9-d 3fok-2 4tle-d 4tl7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (7) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Circadian clock protein kinase KaiC

B: Circadian clock protein kinase KaiC

C: Circadian clock protein kinase KaiC

D: Circadian clock protein kinase KaiC

E: Circadian clock protein kinase KaiC

F: Circadian clock protein kinase KaiC

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.880, 133.378, 149.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Circadian clock protein kinase KaiC 分子量: 28349.178 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 1-253 / 変異: S146G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) 株: PCC 7942 / 遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 400, PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 94429 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 39.1

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.09→42.297 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	4716	5 %
R_work	0.1739	-	-
obs	0.1761	94333	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→42.297 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10712	0	198	844	11754

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11174
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.824	15127
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.178	4161
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1714
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1920

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09-2.1138	0.2319	128	0.191	2735	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1138-2.1386	0.2404	144	0.1941	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1386-2.1647	0.2703	131	0.1893	2935	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1647-2.1921	0.2378	168	0.1948	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1921-2.221	0.2663	146	0.1958	2942	X-RAY DIFFRACTION	98
2.221-2.2514	0.2762	146	0.1961	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2514-2.2835	0.2276	169	0.1857	2952	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2835-2.3176	0.2216	156	0.1855	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3176-2.3538	0.2375	164	0.1869	2949	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3538-2.3924	0.2465	152	0.1843	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3924-2.4337	0.2547	164	0.183	2945	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4337-2.4779	0.2621	181	0.1941	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4779-2.5256	0.2656	153	0.1912	2946	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5256-2.5771	0.2241	151	0.1971	3005	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5771-2.6332	0.2433	163	0.1824	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6332-2.6944	0.2622	169	0.1868	2951	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6944-2.7618	0.2331	174	0.1834	2968	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7618-2.8364	0.2822	174	0.1813	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8364-2.9199	0.2132	162	0.184	2994	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9199-3.0141	0.2352	130	0.1765	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0141-3.1218	0.2044	175	0.1703	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1218-3.2467	0.2304	177	0.1861	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2467-3.3944	0.2322	138	0.1796	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3944-3.5733	0.2086	149	0.178	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5733-3.7971	0.2051	152	0.1679	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7971-4.09	0.1958	169	0.1559	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.5012	0.1812	163	0.1402	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5012-5.1515	0.1784	153	0.1372	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1515-6.4866	0.207	168	0.1828	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4866-42.3061	0.1802	147	0.1706	3147	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.0126 Å / Origin y: 15.4678 Å / Origin z: 17.0818 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1551 Å²	0.0235 Å²	-0.0215 Å²	-	0.1935 Å²	0.0355 Å²	-	-	0.1491 Å²
L	0.3833 °²	0.1016 °²	-0.2649 °²	-	0.4082 °²	-0.0861 °²	-	-	0.345 °²
S	-0.0506 Å °	-0.0924 Å °	-0.0394 Å °	0.0329 Å °	0.064 Å °	-0.0653 Å °	0.0822 Å °	0.0183 Å °	-0.0159 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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