PDB-4tl9: Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tl9

タイトル

Crystal structure of N-terminal C1 domain of KaiC

要素

Circadian clock protein kinase KaiC

キーワード

TRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.822 Å

データ登録者

Abe, J. / Hiyama, T.B. / Mukaiyama, A. / Son, S. / Akiyama, S.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Circadian rhythms. Atomic-scale origins of slowness in the cyanobacterial circadian clock.
著者: Abe, J. / Hiyama, T.B. / Mukaiyama, A. / Son, S. / Mori, T. / Saito, S. / Osako, M. / Wolanin, J. / Yamashita, E. / Kondo, T. / Akiyama, S.

履歴

登録	2014年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2020年1月29日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tl9.cif.gz	591.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tl9.ent.gz	486.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tl9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4tl9_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4tl9_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	4tl9_validation.xml.gz	61.3 KB	表示
CIF形式データ	4tl9_validation.cif.gz	87.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/4tl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/4tl9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tl6C 4tl7C 4tl8C 4tlaC 4tlbC 4tlcC 4tldC 4tleC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tle-d 4tl8-d 4tlb-d 4tla-d 4tl6-1 4tld-d 4tlc-d 3qwd-3 3fok-2 3vcp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (7) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Circadian clock protein kinase KaiC

B: Circadian clock protein kinase KaiC

C: Circadian clock protein kinase KaiC

D: Circadian clock protein kinase KaiC

E: Circadian clock protein kinase KaiC

F: Circadian clock protein kinase KaiC

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.134, 133.820, 151.167
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Circadian clock protein kinase KaiC 分子量: 28393.232 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 1-253 / 変異: S48T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) 株: PCC 7942 / 遺伝子: kaiC, Synpcc7942_1216, see0011 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q79PF4, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 400 or PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.822→50 Å / Num. obs: 144143 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 47.8

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.822→38.975 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2171	7219	5.02 %
R_work	0.181	-	-
obs	0.1829	143807	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.822→38.975 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10446	0	198	962	11606

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11195
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.231	15209
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.017	4265
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1740
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1930

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8222-1.8429	0.3002	228	0.2397	4307	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8429-1.8646	0.2586	244	0.2364	4469	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8646-1.8873	0.2863	245	0.2202	4513	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8873-1.9112	0.2445	232	0.2021	4489	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9112-1.9363	0.2523	217	0.2071	4550	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9363-1.9629	0.2529	244	0.2031	4447	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9629-1.9909	0.2387	247	0.1918	4567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9909-2.0206	0.2517	210	0.1878	4518	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0206-2.0522	0.2236	233	0.1967	4540	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0522-2.0858	0.2337	230	0.1906	4536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0858-2.1218	0.2249	218	0.1825	4544	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1218-2.1604	0.2086	243	0.1761	4553	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1604-2.2019	0.212	261	0.1796	4506	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2019-2.2469	0.2136	229	0.1773	4533	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2469-2.2957	0.2079	245	0.1778	4586	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2957-2.3491	0.2289	275	0.1802	4511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3491-2.4078	0.214	252	0.1799	4513	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4078-2.4729	0.2405	249	0.1827	4566	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4729-2.5457	0.2206	245	0.1766	4554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5457-2.6278	0.2102	267	0.1738	4571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6278-2.7217	0.2209	257	0.1794	4555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7217-2.8307	0.2355	245	0.1822	4587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8307-2.9595	0.2159	226	0.1828	4650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9595-3.1154	0.1978	259	0.18	4589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1154-3.3105	0.2198	218	0.1814	4634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3105-3.566	0.1912	254	0.1713	4611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.566-3.9245	0.1868	224	0.17	4670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9245-4.4917	0.1909	237	0.1524	4686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4917-5.6563	0.1928	256	0.1596	4686	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6563-38.984	0.2614	229	0.2216	4547	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -24.5568 Å / Origin y: 15.4652 Å / Origin z: -17.0539 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1255 Å²	-0.0106 Å²	-0.0127 Å²	-	0.1411 Å²	-0.0179 Å²	-	-	0.1217 Å²
L	0.3475 °²	-0.0862 °²	-0.2691 °²	-	0.2781 °²	0.0505 °²	-	-	0.334 °²
S	-0.0536 Å °	0.0685 Å °	-0.0577 Å °	-0.0343 Å °	0.0505 Å °	0.0373 Å °	0.086 Å °	-0.0316 Å °	-0.0051 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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